木薯是热带地区多年生块根作物，是世界三大薯类作物(马铃薯、木薯、甘薯)之一，热能生产量位居第四，仅次于水稻、甘蔗和玉米，同时是世界六亿人赖于生存的主要食物来源，具有高生物量、高淀粉含量、抗旱、耐贫瘠等优良特性。目前，国家制定的“十一五”再生能源发展战略和新颁布的《国家可再生能源法》中，将木薯、玉米和甘蔗列为我国未来生产燃料酒精的首选原料。 木薯具有高度杂合的遗传特性，给木薯育种提供了丰富的遗传多样性资源和良好的品种选育机会，F1代的强烈分离，使选择缺乏预见性，然而也给木薯育种工作带来了极大的困难。因此，就要在深入了解木薯种质资源结构基础上进行基因型选择，发掘遗传改良潜力。 本研究采用EST-SSR、SRAP和ISSR分子标记技术对109份木薯种质资源进行了全基因组扫描，揭示资源整体的聚类分析、遗传多样性水平比较，了解材料地域分类，初步鉴定具有特殊价值的材料、种植环境因素对材料生长的影响等。相关研究结果如下： 采用EST-SSR、SRAP和ISSR标记对109个木薯品种(系)的PCR扩增实验进行群体多态性检测，获得244个多态性位点，每对引物检测等位基因数为1～9个，平均为3.64个，扩增产物的片段大小范围在250～1000bp之间。 用NTSYS-pc2.10e软件计算获得109个木薯品种(系)的遗传相似系数矩阵，获得聚类树状图(如图-1)和、遗传距离和群体GS值范围为0.53～1.00。在相似系数0.57处将所有种质划分为5组，组间的遗传多样性水平在0.2860-0.3158之间。分析可以知道，木薯聚类存在很大的地域性和血缘关系，生长环境是影响木薯遗传变异的重要因素：初步鉴定K16、U6、Q12、H19、COL318、W4等一些具有特殊经济性状和抗性的材料；C组材料对杂交育种的遗传改良空间比较狭小，但是材料间可能具有和华南系列木薯新品种相似的一些优良性状。 用POPGENE32软件计算，总群体的基因多样性水平为0.4041，而群体内基因多样性是0.2205，基因漂移的频率为0.1836,遗传分化系数达到0.4543，基因流系数(*Nm)为0.6005。木薯品种(系)总的遗传多样性h=0.3536，Shannon信息指数I=0.5326，平均Neis指数为0.3536。表明了组间的遗传多样性较为丰富，群体的基因杂合度居中，群体内部遗传多样性较小，具有较大的遗传分化；材料组间有一定的基因交流，处于低等水平。说明这次引进的种质资源使我国木薯种质资源的类型已经得到了增加，但还不够丰富，在各个组内品系之间的杂交后代的遗传改良潜力将较小，应选择组间特异性亲本进行杂交组合。