明初,朱元璋仿元制,设行中书省管理地方。为加强中央对地方的控制和削弱地方权力,洪武九年(1376年),改行中书省为承宣布政使司,与按察司、都指挥使司共同管理地方,简称三司,明代省级行政体制结构定型。三司在职能上有很大的交叉性,对地方上的重大事务都不能独立的行使职权,起到了遏制地方势力过大、加强中央集权的作用。但地方上的分权,使得地方上缺乏强有力的领导核心,降低了行政效率,给明代省级行政体制的变革埋下伏笔。燕王朱棣通过靖难之役成功登上帝位,深知明代地方制度的弊端,同时为了加强对地方的控制,于永乐元年(1403年)设立了御史巡按制度。监察御史巡按地方被视为代天子巡狩,位卑而权重,与按察司共同监察地方事务,在地方上形成了一种双重监察体制。除此之外,为平定地方的动乱,朱棣在即位的当月即派遣武臣四出镇守,均以总兵之名赴镇。总兵官奉敕镇守一方,位高权重,必须要有对其监督的力量。因此,在派遣总兵官的同时,经常会派遣太监作为镇守中官以便监督。武臣和太监的遣派更多的是为了处理地方军政事务,为解决地方上的民政事务统治者时常临时派遣中央文职官员巡抚地方,事毕回京。这些官员的派遣是为了在不改变原有地方行政体制的前提下,同时又为解决地方问题而临时派遣的,后来却逐渐固定在地方,并形成了制度,在全国范围内施行。总兵官、镇守中官、巡抚又被人合称为“三堂”,宣德以后,三堂积极参与地方事务,地方上的重大事情由三堂共同处理决定,明代地方权力中心由三司变为三堂。在这一过程中,因巡按御史与巡抚不相统属,在处理地方事务时难免会出现礼仪和文移等方面的冲突,为解决这一问题,必须对巡按御史和巡抚的关系行进规定和调整。景泰四年(1453年),规定巡抚统一授宪职,称为巡抚都御史。这样,巡按御史与巡抚同属于都察院官,巡抚成为巡按御史名义上的上司,巡抚与巡按御史发生争执时,最高统治者往往偏向于巡抚。正统以后,总兵官的势力迅速下降,巡抚在地方权力结构中逐渐居于主体地位。为了限制和制约巡抚,统治者有意提高镇守中官和巡按御史的地位与权力。正德二年(1507年),刘瑾当权,除边地外,尽革天下巡抚。正德五年,刘瑾被诛,又陆续恢复。成、弘以来,巡按御史的权力迅速扩张,取代按察使的作用,成为地方上最高的监察机关,巡抚与巡按互相奏讦的事例也十分常见。嘉靖皇帝继位以后,开始着手裁撤镇守中官,至嘉靖十八年,尽撤天下镇守中官,三堂体制崩溃。重巡抚之权,明确了巡抚与巡按御史的关系和职权,巡按御史的地位远低于巡抚,在地方上确立了以巡抚为核心的巡抚体制。巡抚体制确立后,三司的权力向巡抚一人集中,巡抚掌握了地方的军政大权,负责地方一切大小事务,成为封疆大吏。巡抚对于地方管理的重要性不言而喻,但是巡抚集军事、民政大权于一身,显然是违背了明太祖以来的治国理念,隆庆、万历以后,对抚按关系又做出了新的调整。地方事权仍归巡抚,同时重巡按之权,使其各尽其责。巡抚职权远高于巡按,但二者的地位是平等的,二者各司其职,相互合作又相互制约,在地方上形成了抚按共治的局面。