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从1991年开始,猪圆环病毒2型(Porcine circovirus,PCV2)的临床感染情况日渐加重,目前已广泛流行于世界各地,给世界各国养猪业造成了极大的经济损失,严重制约了养猪业的发展。PCV2与多种临床疾病的发生有关,主要有猪断奶后多系统衰竭综合征、猪皮炎与肾病综合征、呼吸系统疾病综合征、母猪繁殖障碍及仔猪先天性震颤等,这些疾病统称为猪圆环病毒病(Porcine circovirus disease,PCVD)。控制PCVD主要采取综合的防制手段,包括饲养管理、生物安全、疫苗免疫和药物保健等方面,其中疫苗免疫是防控PCVD的最有效方法。近年来,国内外PCV2流行毒株的基因亚型已从PCV2b逐渐转变为PCV2d。然而,市面上基于PCV2a和PCV2b基因亚型制备的商品疫苗,是否对PCV2d基因亚型PCV2的感染具有保护作用,已引起各国学者的重视。本研究旨在了解安徽地区PCV2毒株的遗传变异情况,从而为PCV2毒株的分子流行病学及毒株来源的研究奠定基础,为PCV2新型疫苗的研制积累有效材料,也为今后的深入研究和科学防控PCVD提供依据。本研究系针对15株PCV2安徽分离株,在利用PK-15细胞进行增殖、PCR检测以及电镜观察的基础上,根据GenBank已发表的PCV2全基因组序列,设计2对特异性引物,采用PCR方法对其进行全基因组克隆和序列测定后,一是运用DNASTAR软件进行全基因组及主要开放阅读框(ORF1、ORF2)的核苷酸序列及所推导的氨基酸的比对分析,二是运用MEGA7.0软件绘制核苷酸序列的遗传发育进化树,同时与GenBank中的31株PCV2国内外参考毒株进行比较。结果显示:(1)15株PCV2安徽分离株之间全基因组核苷酸序列相似度为95.4%～99.8%,ORF1核苷酸及所推导的氨基酸序列相似度均为96.6%～1 00%,而ORF2相应序列相似度均为93.2%～100%。与国内19株参考毒株比对,全基因组序列相似度为92.9%～99.8%,ORF1核苷酸及所推导的氨基酸相似度均为96.3%～99.9%,ORF2相应序列相似度均为91.5%～99.9%。与国外12株参考毒株比对,全基因组序列相似度为55.0%～99.8%,其中与源自美国的第38号毒株相似度为55.0%～55.3%,与源自英国的第39号毒株相似度为77.0%～77.9%,而与其他10株参考毒株的相似度为94.3%～99.5%。ORF1核苷酸及所推导的氨基酸相似度均为96.4%～99.8%,ORF2相应序列相似度均为89.9%～96.4%。(2)根据绘制的遗传发育进化树,15株PCV2安徽分离株第3号、6～13号共9株与5株国内参考毒株(第17、21、24、25和29号)、2株国外参考毒株(第43和44号)遗传距离较近,同属于PCV2d基因亚型;第1、2、4、5、14和15号共6株与12株国内参考毒株(第18、19、22、23、26、27、28、30、31、32、33和34号)、3株国外参考毒株(第36、40和46号)遗传距离较近,同属于PCV2b基因亚型。未出现PCV2c、PCV2e分支上的毒株。结果表明:(1)PCV2安徽分离株之间全基因组及主要开放阅读框(ORF1、ORF2)的核苷酸及所推导的氨基酸序列同源性较高,相似度为93.2%～100%,PCV2在安徽地区的流行无明显地域性差异;PCV2安徽分离株与国内参考毒株的相似度为91.5%～99.9%,PCV2在国内的流行也无明显地域性差异;PCV2安徽分离株与国外参考毒株的相似度为55.0%～99.8%,较与国内参考毒株的同源性低,PCV2的流行呈现一定的地域差异性。(2)15株PCV2安徽分离株相互之间遗传关系较近,遗传变异不大,其中9株属于PCV2d基因亚型,6株属于PCV2b基因亚型,安徽地区PCV2流行毒株的基因亚型已渐呈现由PCV2b转变为PCV2d的趋势,目前PCV2d为优势基因亚型,与国内许多地区的相关报道一致。