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【目的】研究湖北钉螺线粒体COl基因序列差异,建立分子系统发育树:研究钉螺滇川亚种的遗传多样性,探讨COI基因序列是否适合湖北钉螺分类学研究,从而为云南省血吸虫病的防治,尤其是灭螺工作提供理论依据。【方法】采集云南省血吸虫病流行区钉螺,分别提取钉螺全基因组DNA,PCR扩增线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素C氧化酶I(COI)基因片段并测序。应用DNAstar软件对所测序列进行编辑。从GenBank下载钉螺COI基因序列,应用ClustalX1.83软件对基因序列进行排列比较。以双脐螺Biomphalaria glabrata(AY380531)以及微小钉螺O.h.minima(DQ212795)作为外群参照,应用MEGA4.0、PAUP*4.0、PHYML软件,用邻接法(NJ)、使用不加权算术平均组对法(UPGMA)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)分别构建系统发育树进行分析。应用MEGA4.0软件计算遗传距离。【结果】湖北钉螺COI基因序列的比较结果和所构建系统发育树显示:所分析的湖北钉螺COI基因片段序列长度为638bp,钉螺滇川亚种的保守位点数目为533,变异位点数目为105,简约信息位点数目为91,自裔位点为14。A、T、C、G平均含量分别为23.0%、37.6%、18.3%、21.1%,A+T含量为60.6%,而G+C含量为39.4%,A+T含量高于G+C含量。所分析钉螺滇川亚种的转换与颠换的平均比值为6.2。碱基替换饱和性分析显示湖北钉螺COI基因序列碱基替换基本未达到饱和。湖北钉螺系统发育树分为三大支:滇川亚种支、夸氏亚种支和湖北钉螺其它各亚种支。三种方法构建的钉螺滇川亚种系统发育树拓扑结构基本一致,可分为两大支:即云南支和四川支。钉螺滇川亚种与湖北钉螺其它各亚种间未校正P距离为0.1197-0.1313(0.1255±0.0058),Kimura二参数模型P距离为0.1485-0.1343(0.1414±0.0071);湖北钉螺其它各亚种间未校正P距离为0.0091-0.0252(0.01715±0.00805),Kimura二参数模型P距离为0.0093-0.0258(0.01755±0.00285);钉螺滇川亚种中云南支与四川支之间未校正P距离为0.0857,Kimura二参数模型P距离为0.0928。【结论】①钉螺滇川亚种内存在遗传变异。②提示COI基因片段序列不适合近缘钉螺亚种的分类研究,但对于钉螺滇川亚种内形成稳定的分支具有很好的支持。③滇川亚种内分两个亚群,即云南支和四川支。