论文部分内容阅读
胃癌是我国最常见且发病率较高的恶性肿瘤之一,严重威胁人类的生命健康。由于早期胃癌症状状不明显且缺乏成熟的筛查体系,发现往往已属进展期。提高早期胃癌的检出率,对改善胃癌的治疗有重要的意义。血清肿瘤标志物对胃癌的检测无创且易行,但存在敏感性、特异性低等问题,严重影响诊断效果。因此筛选高特异性、亲和力的胃癌血清肿瘤标志物核酸适配体是研究的关键所在。本研究基于双向热循环消减SELEX技术,以环氧基化琼脂磁珠为载体,胃癌及非癌血清互为正筛与消减靶标,对特异性识别胃癌及非癌血清的核酸适配体进行筛选。随后使用ELISA法对核酸适配体进行亲和力、特异性的检测,最后借助生物信息学软件对高通量测序获得的核酸适配体的序列信息及Label free非标定量调取的蛋白质组进行了研究,建立了快速、高效的胃癌血清检测技术。主要研究内容及结果如下:1)先将靶标蛋白包被的磁珠与初始单链DNA文库孵育5轮,充分富集特异性物质。第6轮开始加入消减SELEX筛选,同时对筛选条件进行优化。经过19轮的双向筛选,从随机的单链DNA文库中筛选得到胃癌及非癌血清特异性核酸适配体并进行高通量序列测定,得到丰富度≥1%的胃癌血清特异性结合的核酸适配体10条,非癌血清特异性核酸适配体9条,对这些序列进行编号、合成;2)利用ELISA技术对丰富度≥10%的核酸适配体序列进行亲和力及特异性的验证,结果显示几条丰富度较高序列与靶标蛋白结合的亲和力均在纳摩尔级别,其中序列G-AP2,G-AP3,N-AP1,N-AP3显现出了较强的亲和力与特异性。结合这些序列建立双向检测技术,对100份病例进行临床验证,统计学分析得总阳性检出率为90%。3)对特异性核酸适配体序列进行二级结构的模拟及序列比对,利用在线分析软件NUPACK分析核酸适配体的二级结构,利用DNAMAN对序列比对分析。结果显示筛选到的核酸适配体多呈茎环结构,且富含配对碱基。4)利用生物素-亲和素法对胃癌及非癌血清特异性核酸适配体进行靶标蛋白的调取及验证,采用非标定量法对蛋白质谱进行分析,借助在线分析软件Omicsbean对胃癌血清核酸适配体特异性蛋白进行功能注释及信号通路分析。结果显示145个只在胃癌血清中存在的靶标蛋白主要位于细胞外区域,可与细胞表面受体结合协同参与细胞内外物质运输等活动。这些蛋白还参与基因转录,细胞的迁移与凋亡,蛋白的分选及一些肿瘤发生的相关信号通路。体现了核酸适配体作为肿瘤标志物在癌症临床检测及治疗的潜力。双向热循环消减SELEX技术可以较准确筛选得到胃癌及非癌血清特异性核酸适配体,利用血清蛋白作为靶标对核酸适配体富集,通过实时定量-PCR检测可准确的判断胃癌和非癌血清,结合高通量测序及质谱技术对核酸序列及蛋白功能进行分析,为早期胃癌的临床诊断与治疗提供新的参考价值。