水源保护地对于城市居民的生存、城市的可持续发展至关重要。随着经济的高速发展，资源环境压力倍增，对水源保护地的研究已成为近年来我国城市经济、社会可持续发展的重要课题之一。上世纪九十年代以来，由于对城市水源保护地的投入不足，生态建设和保护不到位，水源保护地生态的不可持续严重威胁着城市居民的饮水质量和安全。然而工业发展和相关政策的限制，使得水源保护地经济普遍比较落后，面对这种贡献与回报脱节的情况，急需一种新的机制来解决此类问题，建立和完善水源保护地生态补偿机制是解决水源保护地发展矛盾的关键所在。本文在研究国内外生态补偿研究现状的基础上，采用理论分析、统计分析、模型分析相结合的方法，通过对水源保护地可持续发展与生态补偿之间关系的探讨，分析了水源保护地在可持续发展过程中面临的矛盾和问题，通过构建可持续发展指标体系来说明水源保护地可持续发展状况。通过苏州市水源保护地可持续发展生态补偿的实证分析，研究和探讨了完善水源保护地生态补偿机制的总体思路，提出了一系列对策建议。 我国对生态补偿的研究尚处在初期阶段，生态补偿的研究内容还在拓展，还有许多需要深入研究的内容，例如：资源价值不确定性研究、生态补偿模型建立、生态补偿立法等。科学建立和完善生态补偿制度，并切实有效的执行，才是解决当前水源保护地可持续发展的有效途径，也为整个城市的平衡和持续发展打下了基础。