我国新疆维吾尔自治区地处于亚欧大陆的中心,干旱少雨,土壤沙漠化和盐碱化现象严重,因此,为了满足社会生产和经济发展的需要,当地丰富的荒地资源作为一种增量资源被开发利用。在新疆地区,部分农民手中同时持有承包地和荒地两种不同形式的土地资源,但承包地和荒地无论在土地产权制度安排,如初始产权的配置方式、相关土地使用证书的办理、土地的使用期限等方面,还是农户对承包地和荒地产权的主观认知程度,均表现出显著的差异性,导致农户对承包地和荒地使用权流转做出不同的决策行为。此外,新疆地区气候干燥,降水稀少,农业灌溉水资源的保障程度成为制约土地产出效率和土地流转的另一个重要因素,且灌溉水权是产权在水资源领域的反映。因此,新疆承包地和荒地的灌溉水权,即在用水分配制度和保障程度上所表现出来的差异,也会对农民对两种类型的土地的流转决策产生影响。基于以上背景,本文选择了新疆维吾尔自治区阿克苏市阿瓦提县为研究区域,以农户对承包地和荒地流转行为决策为研究对象,建立Logit二元选择计量经济模型分别研究影响承包地和荒地流转的因素,并在有效控制其他影响因素的前提下,通过建立Multinomial logit多元无序选择模型,重点考察承包地和荒地产权和水权制度的差异对农户流转决策的影响,以期从产权和水权视角,为如何有效促进农村土地流转提出政策建议。通过模型结果可以发现,承包地和荒地流转的影响因素存在差异,且承包地和荒地产权和水权制度安排的差异对农户参与两种类型的土地流转决策产生了影响。产权方面,土地调整次数会对承包地流转产生显著影响,土地承包年限则对荒地流转产生影响；水权变量未对土地流转产生显著影响。因此,结合本文实证研究结论提出,促进土地合理有效流转,要建立健全集体土地产权流转的配套制度,充分发挥土地资源配置市场化作用,彻底替代行政性的土地调整。规范和完善荒地使用制度,延长荒地使用年限,为荒地使用者颁发有效凭证并提高农户对于土地安全性的认知。