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甘蔗杆状病毒（Sugarcane bacilliform viruses,SCBVs）属于花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae杆状DNA病毒属Badnavirus,是危害甘蔗的主要病毒之一,在世界各主要甘蔗产区均有发现,严重影响甘蔗的产量和品质。因此,急需建立一种快速、灵敏、特异的检测方法,为阻止SCBV病毒跨区域传播,为该病害隔离检疫和健康脱毒种苗质量监控提供关键技术支撑。本研究针对2012年国际病毒分类委员会ICTV公布的两个SCBV病毒种Sugarcane bacilliform IM virus（SCBIMV,NC003031）和Sugarcane bacilliform MO virus（SCBMOV,NC008017）的反转录酶/RNA 酶 H（RT/RNase H）序列分别设计了一套特异性引物和探针,通过优化反应体系和条件,建立了灵敏度高、特异性强、重现性好的TaqMan实时荧光定量PCR（qPCR）检测方法。该方法以重组质粒PMD18T-IM（SCBIMV）和pSCBV20（SCBMOV）重组质粒DNA为模板（109-10拷贝/u L）进行荧光定量PCR检测,建立标准曲线和回归方程,其扩增效率分别为99.26%和101.73%,最低均能检测100拷贝/μ L,比常规PCR灵敏度高100-1000倍。通过对不同SCBV株系/基因型的荧光定量PCR检测,两套qPCR检测方法均呈现良好的特异性。对采集自福州试验地国家区试甘蔗品（系）114份和云南蔗区甘蔗品种（系）62份叶片样品进行常规PCR和qPCR平行检测,常规PCR共检测到52份阳性样品,检出率为29.5%,其中,福州样品阳性检出率为41.23%,而云南样品阳性检出率为8.06%。利用本文建立的SCBIMV和SCBMOV的qPCR检测方法,在176份叶片样品中,阳性样品检出率分别为50.0%和46.6%。其中,福州、云南样品SCBIMV-qPCR方法阳性检出率分别为71.05%和11.29%,而福州、云南样品SCBMOV-qPCR方法阳性检出率分别为57.01%和27.41%,这些结果显示qPCR方法阳性样品检出率明显高于常规PCR,表明qPCR检测方法具有更高的灵敏度。对52份阳性样品的常规PCR产物进行克隆和测序,共获得80条SCBV病毒RT/RNaseH片段序列,连同已报道的38条代表18个不同SCBV基因型/株系为参考序列,利用邻接法构建系统进化树,结果表明所有供试的SCBV分离物划分成19个亚组群,即SCBV-A至SCBV-S,其中SCBV-S为本研究新发现的基因型/株系。本研究获得的福州SCBV分离物划分在E、F、L、N和Q组群,而云南SCBV分离物划分在Q、R和S组群。综上所述,本研究建立的SCBIMV、SCBMOV荧光定量PCR方法为SCBV的检验检疫和病害防控提供准确可靠、灵敏、快速的检测技术。发现福州试验地国家区试甘蔗品（系）和云南蔗区甘蔗品（系）存在多种SCBV株系或基因型,加强我国SCBV病毒的隔离检疫和病害流行监测势在必行。