目前,人们非常关注microRNA(miRNA)的生物学功能,然而研究miRNA生物学功能的关键之一在于miRNA靶基因的确定。现如今,miRNA靶基因的确定主要依赖两种方法,其中生物学试验方法主要是利用免疫共沉淀来寻找与AGO蛋白发生作用关系的mRNA,或者研究miRNA调控的mRNA水平和蛋白质水平上的一些变化去发现miRNA靶基因。而物信息学方法主要根据miRNA及其靶基因之间的相互作用关系、miRNA与靶基因的配对情况、miRNA的保守性、靶基因物种间的保守性及miRNA与靶标二聚体能量等特征来设计并实现软件。由于2009年甲型流感病毒的大爆发,使得研究人员发现流感病毒对人类健康的威胁越来越大。根据过去的研究,我们知道人体内部分miRNA对病毒的基因有调控作用,可以起到对于病毒的抑制的作用,这正启发我们应该研究人体内可调控流感病毒的miRNA序列及抑制流感病毒复制和增值的靶位点,这对于我们预防和治疗流感病毒具有非常重要的意义。本文通过对于流感病毒及miRNA的学习,以流感病毒基因序列对近几年的一些重要的靶基因预测软件进行比较分析,通过采用生物信息学研究中广泛使用的预测软件来评价标准,进一步总结预测算法之间的优缺点,同时也为以后的新算法研究提供可参考的数据。