行政组织法作为内部行政法，在整个行政法体系中始终没有得到很好地发展，包括行政机构设置法定化在内的诸多基础性理论命题仍然没有得到很好地解决。虽然行政机构设置法定化已经成为中共中央和国务院的基本政策要求，但是如何认识和推进行政机构设置法定化，仍然有很多具体问题需要加以研究和解决，具体而言，应包括：如何理解行政机构设置法定化、行政机构设置为何需要法定化、行政机构设置法定范围的划分、行政机构设置法定位阶的确定、行政机构设置法定程度的判断，这些问题层层推进，相互关联，从而构成了本文分析、探讨的逻辑框架与基本主题。
　　本文除绪论之外，共分为五个章节：
　　第一章，对行政机构设置法定化的对象进行分析，即如何理解行政机构设置法定化。从静态与动态两个层面对行政机构设置进行分析探讨，前者主要从主体角度依据不同的标准对行政机构进行类型化划分，后者则主要从行为角度对设置的范围进行界定，所谓行政机构设置是指中央及地方各级政府及其工作部门、内设机构及派出机构的设立、撤销、合并、规格变更、名称变更等一系列行政组织行为。行政机构设置法定化源于传统的法律保留、制度性法律保留、行政组织法定主义等，但是又与其存在差别，其将法律、法规、规章一并纳入法定化的调整范围。
　　第二章，主要分析了行政机构设置法定化的必要性。我国行政机构设置总体上经历了萌芽、初创、发展、改革四个阶段，在机构改革过程中存在法律、制度、理论等方面的问题。行政机构设置之所以要实现法定化，主要是因为我国行政机构设置领域所存在的现实问题需要通过法定化的方式予以解决，规则是减少混乱、建立秩序的最有效方式，行政机构设置法定化是解决行政机构设置随意化、碎片化、行政化、同质化的最有效途径；此外，在理论方面的原因则主要基于法律保留学说的发展、行政组织规范作用的提升、基本权利的客观价值秩序的要求、财政预算理论的推动，以及法规范所具有的一致性、稳定性、权威性等法的一般性特征。
　　第三章，对行政机构设置法定化的域外经验进行分析。着重就美国、德国、日本以及我国台湾地区行政机构设置的法规范内容进行详细分析，在行政机构设置领域实现预算控制、行政机构设置的法规范内容尽可能详尽、立法主导行政机构设置、行政机构设置的动态控制机制以及对行政机构设置进行数量控制等制度和措施，都对我国行政机构设置法定化的推动具有重要的启示与借鉴意义。
　　第四章，主要划分了行政机构设置法定化范围，即哪些行政机构的设置需要法规范依据，哪些行政机构的设置则不需要法规范依据。重要性理论应作为行政机构设置法定化范围划分的理论依据，其在法定化范围的判断上具有重要影响。根据行政机构实施行政职责范围的不同，所有的行政机构可以划分为各级人民政府派出机关、各级人民政府的业务机构、各级人民政府及其业务机构的内设机构、各级人民政府及其业务机构的派出机构四种类型；内设机构可以根据机构功能、结构的不同，再划分为业务、事务、辅助、监督机构及行政职位五种，并以行政机构设置是否对行政相对人权利保障产生影响为标准，将业务类行政机构的全部设置行为纳入法定化范围，其他行政机构的设置行为则排除在法定化范围之外。
　　第五章，主要确定了行政机构设置法定化位阶与法定化程度。行政机构设置法定化位阶的确定应当参照行政处罚法等法律规范中有关行政处罚事项等的设定，对划入行政机构设置法定化范围的事项分别予以分析，尝试在行政机构设置领域建立多元多级的法规范体系；而法定化程度的判断，则认为行政机构设置法定化意味着行政机构设置的过程需要尽可能实现法定化，因而将行政机构设置领域的法规范分为程序方面的要素与其他方面的要素，具体包括提案、方案的编制、审核、决定、备案、监督等程序要素和机构设置的规则要素、结构要素、设置的形式要素等，并且从准则性与单行性法规范并行、明确机构设置的程序要素、数字化表达三方面来增强行政机构设置法定化程度。