随着我国市场经济的不断发展与完善,技术创新的地位日益突出,为了鼓励企业进行创造性研究,国家实施了一系列优惠政策,不单单是财政补贴、更多的是税收方面的优惠。在此背景下,本文对研发投入的所得税优惠政策进行了深入的研究,发现其作用机理以及对企业的优惠力度,以此提出相应的研究建议。我国医药制造业的特点为“技术高、投入多、风险大、收益优、周期长”,其研发投入力度相对较大,对所得税优惠政策的反应也比较敏感。在实证研究中,选取证监会行业划分中属于医药制造业的56家上市公司2010-2014年的研发投入与所得税优惠相关数据进行回归分析,得出所得税税负与企业研发投入强度关系显著,企业的所得税税负每变化1个单位,将导致企业研发投入向相反的方向变化12.16725个单位的结论。企业净资产收益率与资产负债率对企业研发投入也存在显著关系,实证结果很好的印证了实证假设,所得税优惠政策可以促进企业的研发投入。案例研究选取了医药制造业2014年研发投入最多的复星医药,通过复星医药财务报表数据的分析,得出所得税优惠对企业的研发投入具有促进作用,与实证研究部分得出的结论相吻合,同时,根据数据显示企业增大研发投入又可以提高企业的盈利水平,对企业的长期发展有利。根据研究结果可以发现,提高企业的创新能力尚且需要政府与企业进行相关环节的改进。首先,扩大所得税优惠政策的适用范围。其次,增加所得税优惠政策环节。最后,增强企业自我创新意识。