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目的探讨长链非编码RNA (Long Noncoding RNA, lncRNA)在变应性鼻炎与正常鼻粘膜中是否存在表达差异,并筛选出差异显著的长链非编码RNA。方法1)分别提取变应性鼻炎和正常鼻粘膜组织总RNA,质量检测后合成双链cDNA, PCR扩增建立cDNA文库,用Illumina HiSeqTM2000测序得到原始序列数据。运用软件Tophat、Cufflinks构建转录本。运用blast与non-coding RNA、kegg、nr、cog、swissprot等数据库比对,识别出已知的lncRNA和：mRNA;利用CPC基于framefinder和blast进行SVM预测,得到预测的新的非编码RNA。2)运用RPKM法分别计算lncRNA和mRNA表达量,基于差异倍数运用聚类分析筛选出多对样本均有差异表达的lncRNA和mRNA。3) qRT-PCR对部分差异表达的长链非编码RNA进行验证。4)运用关系式数据分析系统RDAS计算差异表达的lncRNA和所有mRNA的关联性,得到与差异表达的lncRNA共表达的mRNA。5)运用数据库KEGG、BioCarta对共表达的mRNA进行Pathway分析,得到共表达的mRNA参与的生物学途径。结合生物学途径结果和关联性结果了解lncRNA的调控作用。结果1)本研究首次应用RNA-Seq测序技术得到变应性鼻炎和正常鼻粘膜的lncRNA表达谱和mRNA表达谱。2)3对样本中均有差异表达的lncRNA共173种,120种上调,53种下调；已知的lncRNA63种,49种上调,14种下调；新的lncRNA110个,71种上调,39种下调。3对样本中均有差异表达的mRNA共437种,其中365种高表达,72种低表达。3)经qRT-PCR验证长链非编码RNA NONHSAT250987, NONHSAT176469、NONHSAT309646、NONHSAT140585、 NONHSAT201926表达呈下调趋势；长链非编码RNA NONHSAT26156、NONHSAT292828、NONHSAT312751、 NONHSAT157109表达呈上调趋势；结果与RNA-seq预测结果相一致。4)关联性分析得到与85种差异表达的lncRNA共表达的mRNA,共379种。5)经Pathway分析得到共表达的mRNA的17条生物学途径。结论变应性鼻炎患者鼻粘膜lncRNA的表达与正常鼻粘膜比较存在显著性差异。