20世纪80年代以来,随着工业化、城镇化进程的迅猛推进,农村土地流转速度急剧加快,关于土地流转的种种探讨也发展的如火如荼。晋江一跃成为全国县域综合实力十强县(市)、福建县域经济排头兵,倒逼出了城镇化革命,“晋江模式”成为了我国具有典型意义的城镇化模式,在城镇化进程中,来自非农建设用地的增长需求、现代农业对土地集中流转需要的迫切、新农村建设规划的要求让土地实现合理流转成为大势所趋,而如何在土地实现留住流转的过程中不损伤农民的权益,保障农民的土地权益是目前迫切需要解决的问题,它是“以人为本”城镇化的理念体现。本文以农民权益保护作为研究对象,以城镇化水平较高的晋江市为例,分析该市在城镇化进程中土地流转时农民权益保护工作的现状和存在的问题,并提出保护农民权益的相关对策,以期为晋江市在土地流转过程中加强农民权益保护工作提供参考。