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东北林蛙是主要分布于我国东北地区长白山脉的两栖动物。近年来由于对东北林蛙的需求逐年上涨,野生东北林蛙资源就显得弥足珍贵。辽宁地区对东北林蛙的人工养殖也已广泛开展,为了不使人工养殖的过程中的引种及养殖方式对野生群体产生影响,研究东北林蛙遗传的多样性和遗传结构,以及人工养殖林蛙与野生林蛙的遗传多样性的差异就变得非常重要,而分子标记正是开展这项工作的理想手段。本研究分别利用核基因组微卫星标记(SSR)和线粒体DNA(mtDNA)的COI基因,研究了辽宁抚顺、本溪、铁岭、丹东地区东北林蛙群体,共171个个体的遗传多样性和遗传结构。(1)本研究选择了能够稳定扩增的多态微卫星位点8个。在这8个多态位点中,位点Rpi100在抚顺群体、本溪群体、铁岭群体中表现为单态,在丹东群体中表现为多态。8个多态性位点的多态信息含量平均值为0.5188,在4个东北林蛙群体171个样本中总共检测到87个等位基因。各位点的等位基因数为3～29,平均等位基因数为10.88,平均有效等位基因数(A)为4.5989,平均观测杂合度(Ho)为0.2842,平均期望杂合度(HE)为0.6475。丹东群体的HE最高,为0.5718;抚顺群体的HE最低,为0.4821。同时观测到大量稀有等位基因,并且大部分稀有等位基因的频率都较低。4个群体中,只有位点Rpi104符合哈代-温伯格平衡(P>0.05),其余位点均显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.01)。(2)本研究获得了东北林蛙的线粒体COI基因部分序列,序列长度为630bp,所测得的所有序列T、C、A和G的含量分别为26.9%、30.4%、24.9%和17.8%,转换/颠换值为12.8,其中变异位点数为95个,多态信息位点数为13个。各群体的单倍型数(nh)共24个,单倍型多样性(π)为0.414±0.124～0.846士0.041。除丹东群体外,其他群体的Tajima’sD中性检验值变化范围为-1.4676～-1.0521,均未显示出显著性(P>0.10),与中性突变相符。(3)基于微卫星DNA的分析结果显示,4个东北林蛙群体之间的分化极显著(FST>0.25)。利用邻接法(Neighbour-Joining),分别基于微卫星DNA和线粒体COI基因重建了系统发育树,结果均显示本溪群体与其它群体遗传距离较远,但并未产生物种级别的分化。基于微卫星DNA和线粒体COI序列分析比较了群体间的遗传分化,AMOVA结果均表明遗传差异主要来自群体内,比例分别为71.85%和84.33%。(4)对铁岭人工养殖群体与其他三个野生群体进行了遗传多样性比较,结果显示人工养殖群体与野生群体的遗传多样性水平相近,并且有部分遗传多样性指标为4个群体中最高,说明通过封山封沟进行的人工养殖方式对于东北林蛙的遗传多样性未见负面影响;但铁岭群体与其它群体间的基因流较低,可能需要视情况补充野生个体,以维持群体的遗传多样性水平。本研究结果分别研究了野生状态下和人工养殖状态下的东北林蛙遗传多样性以及种群分化水平,不仅为保护野生群体的遗传多样性提供理论依据,也为东北林蛙的人工养殖方式提供理论支持。