随着世界上劳动分工的越来越细化，物流作为第三利润源泉的重要性逐渐显现。而作为在物流中占主要地位的物流运输环节也越来越为人们所关注。本文针对目前物流运输组织绩效评价系统与优化系统缺少衔接的问题，通过对运输组织三个组成成分的分析，提出物流运输组织绩效评价系统；并通过主客观结合赋权重的模糊综合评价方法对运输组织绩效进行衡量，并使用Visual Basic软件开发了一个物流运输组织绩效评价的模块。本文设计了一个比较全面的三层指标体系，综合考虑了物流运输路线和节点选择、运输方式选择和运输承运人选择三个方面的绩效，其下层又根据衡量的方面不同，将运输路线和运输方式的绩效指标分为时间、便捷性、成本。将运输承运人的绩效指标分为成本、运输效率、运输质量。然后，根据这些方面，提出具体的、有一定自创性的、便于货主搜集的绩效指标。同时，这些评价指标还便于货主根据绩效评价的结果，在实际应用中对其运输组织进行一定的优化。本文分析了绩效评估的若干方法的优缺点，并通过分析比较，得出模糊综合绩效评价结合方法在运输组织评价时的优势。同时，在确定权重时，介绍了主客观两种权重确定方法，并提出使用主客观结合赋权重的方法。具体应用方面采用上海××服装贸易有限公司作为对象，将制定的运输绩效指标和确定的计算方法应用于实际。在权重确定时，实际计算了层次分析法、灰色关联度法、并将两者的权重结合起来得到综合的权重，并将该权重使用于模糊综合评价方法中，对该公司的三种运输组织方式的绩效给定了三个层次的评分。并使用主成分分析法对模糊综合评价分析结果的正确性给出了验证。通过实际情况表明该体系和方法能有效地评价货主企业的物流组织绩效，符合客观实际，评价结果全面、合理。最后，论文还通过Visual Basic软件开发了物流运输组织绩效评价模块，将之前制定的指标和计算获得的权重预设在系统中，用户只需通过专家打分获得隶属度函数，就可以得到最终的评价结果，使绩效评估的过程更加简单且易操作。