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本研究在已有报道基础上,筛选出10对多态性丰富的微卫星引物,以ABI 3730XL DNA全自动基因分析仪为平台,结合荧光-多重PCR技术,采用GeneScan-500标准,对皖西白鹅、浙东白鹅、四川白鹅、太湖鹅、狮头鹅、豁眼鹅、武冈铜鹅,马岗鹅和乌鬃鹅等国家级水禽种质资源基因库(江苏泰州)保种的9个中国地方品种鹅(540只)以及2个原产地品种皖西白鹅和狮头鹅(120只)共660个个体进行扫描,运行Genemapper4.0版本软件读取等位基因。通过计算等位基因频率、群体杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Reynolds’遗传距离等,分析了9个地方鹅品种群体内和群体间的遗传变异,并对原产地保种和异地基因库保种效果进行了比较分析。主要研究结果如下:1.9个中国地方鹅品种的遗传资源丰富,变异范围较大。在10个微卫星座位上共检测到89个等位基因,各座位拥有的等位基因数从3至26个不等,平均等位基因数为8.90±6.61;所有群体的平均期望杂合度为0.5785±0.012,平均PIC值为0.5949,其中马岗鹅遗传变异最高。2.9个地方品种拥有15个特有等位基因以及数量相当的优势等位基因,除在座位WWX1、CKW13以及CKW14无特有等位基因外,在其他座位都至少有一个特有等位基因存在;9个等位基因为9个鹅种的共有等位基因,并首次据此分别绘制了9个品种鹅在10个位点的STR特征图谱。3.对于整个群体而言,存在着极显著的遗传分化,群体间遗传分化系数为0.112(P<0.001),并且所有座位都显著地贡献于这一结果(P<0.001)。Reynolds’遗传距离从0.0454 (四川白鹅-武冈铜鹅)到0.2342 (豁眼鹅-狮头鹅)不等,而Nm值变异范围为从0.7404 (豁眼鹅-狮头鹅)到5.3806 (武冈铜鹅-四川白鹅)。利用10对微卫星标记对9个群体的亲缘关系进行分析,NJ聚类法将9个群体分为4个类群。4.分析比较了全自动荧光标记毛细管凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果,毛细管凝胶电泳结果精确度高,传统的聚丙烯酰胺凝胶电泳技术在分析微卫星结果时准确性较低。5.两个鹅品种的原产地保种与异地基因库保种的遗传多样性参数的比较结果显示,在选择保种方法时,采用异地保种的方法是切实可行的,该保种方法可以切实保持群体的遗传种质特性。