研究目的：在了解我国新型农村合作医疗管理与运行现状的基础上,对目前存在的问题进行深入剖析,借鉴COSO内部控制理论的精髓,确定新型农村合作医疗的内部控制目标及控制要素,结合典型地区案例研究的结果,构建新农合内部控制模型。在理论分析与实证研究的基础上提出完善新农合内部控制的建议。研究方法：(1)文献研究,收集与本研究相关的资料,主要包括农村医疗保障、新农合管理、内部控制理论等相关研究文献,以及国家出台的关于新农合的政策文件及配套文件等。(2)现场调查,利用设计好的调查表,采取典型抽样的方式,选择河南息县、湖北曾都区、山东单县作为样本地区,对县(区)卫生局、新型农村合作医疗管理办公室、县、乡两级定点医疗服务机构各1所进行问卷调查,并在各乡镇卫生院抽取一定数量的处方,对各机构的负责人进行个人深入访谈,并收集相关管理文件。(3)定性分析,对访谈和文件资料的分析主要采取定性研究的方法。(4)定量分析,对新农合参合、补偿、费用等数据进行描述性统计学分析；对不同地区乡镇卫生院处方用药情况进行卡方检验及其他非参数分析方法。研究结果：(1)从新型农村合作医疗的供、需、管三方提出内部控制目标。需方内部控制目标包括：改善农民的参合意识、规范农民的服务利用行为、减少农民套取新农合基金的违规行为、促进农民参与新农合的监督;供方内部控制目标包括4项11小项：规范医疗机构服务行为(严格执行出入院标准,规范用药行为,规范检查行为,规范治疗行为,规范服务收费),改善医疗机构服务质量(控制医疗费用,提高患者满意度),提高医疗机构新农合管理水平(管理制度建设完善,管理人员素质提高,新农合信息系统建设完善,合理补偿参合农民)；管方内部控制目标包括4项16小项：规范机构内部管理(上下级管理机构政令畅通、补偿方案设计合理、保障基金安全、内部管理制度完善、信息网络建设完善、提高财务信息可靠性、完善监督机制),改善对参合农民的管理与服务(提高筹资效率、严格执行补偿方案的规定、加强信息公示与新农合宣传、对农民的服务及时到位),提高对定点医疗机构的管理能力(建立合理的支付制度、及时拨付补偿基金、完善对定点医疗机构的监管),与医疗救助制度的有效衔接(提高贫困农民参合率、建立新农合与医疗救助的统一服务平台)。(2)借鉴COSO内部控制理论,新农合内部控制要素包含控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监督与评价五方面。控制环境包含适宜的新型农村合作医疗发展规划、合理的管理组织结构、明确的岗位分工、良好的信息沟通网络、健全的人员管理机制、健康向上的文化氛围六个方面；风险评估主要包含对经济风险、制度风险、服务对象所造成的风险、以及诊疗行为所造成的风险的评估；控制活动从环节进行划分,涵盖了前馈控制、现场控制和反馈控制,控制对象主要是新农合定点医疗机构及管理机构；信息与沟通主要包含明确信息收集、处理、传递程序,新农合信息公示,建立举报投诉制度等；监督与评价主要包括内、外部审计以及参合农民的监督。结论与建议：根据理论研究及实证分析,建立新农合内部控制模型,模型包含四个子系统,分别为内部控制目标系统、内部控制风险分析系统、内部控制协调系统以及内部控制诊断系统。根据新农合内部控制模型,提出下述政策建议：(1)强化政府职责,充分发挥政府在新型农村合作医疗制度建立和发展中的主体作用；(2)重视人力资源建设,建设高素质的管理队伍；(3)加强风险防范,健全风险控制机制；(4)加强信息系统建设,完善沟通机制；(5)促进合理用药,规范定点医疗机构服务；(6)加强对参合农民的管理,规范服务利用行为；(7)出台新农合法律法规,为制度运行提供法律保障。