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Porcine circovirus type2(PCV2)不仅是引起仔猪断奶多系统衰竭征的主要病原体，而且还与其它病症相关。PCV2的危害在于能够使感染猪只的免疫功能受到损害，这种可导致机体免疫抑制的病毒，由于经常以亚临床感染的形式出现，常易被忽视。因此应当进一步加强对PCV2感染的流行病学及分子病学研究。 本研究采用PCR诊断技术对所收集的73份疑似PCV2病的病料进行检测，得到18份PCV2阳性病料。 采用反向PCR技术对阳性病料中的6株猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)进行全基因的扩增、克隆和测序，得到长度为1768或1767bp的目的基因片段。 应用DNAstar序列分析软件对所测定的6株PCV2序列进行同源性分析。结果显示，六株之间的核苷酸同源性为95.5％～100％。应用计算机分析两个主要阅读框ORF1和ORF2并推导其氨基酸序列，分离株ORF1的核苷酸及氨基酸之间的同源性分别为96.9％～100.0％和98.1％～100％，说明ORF1非常保守，这与其编码蛋白的功能有关。分离株ORF2之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为92.9％～100％和92.3％～100％，变异相对于ORF1较大，与国外已发表毒株的ORF2比较，发现变异主要发生在三个区域，其中两个与病毒的抗原表位相对应，推测这些变异可能与PCV2抗原性及致病性的改变有关。 应用Mega和CLUSTAL分析软件对分离株和国内外已发表的34株PCV2及2株PCV1序列进行比较，并建立了遗传进化树。该进化树主要分为两大群，两个基因型遗传距离上相对较远，分为两群。PCV2各分离株之间存在着某种地理区域上的相关性，分为两大群，以美国和加拿大为代表的一群，以及以法国为代表的一群。本实验分离株皆属第二群，说明广西株与法国株亲缘关系较近。