白梭梭(Haloxylon persicum)和梭梭(Haloxylon ammodendron)是藜科梭梭属多年生小半乔木。它们在维持荒漠生态系统的结构与功能、防止土地沙漠化、改善小气候方面具有十分重要的作用。近年来,由于不合理地开发利用,大面积的天然梭梭林衰退甚至死亡。本研究利用ISSR分子标记技术,对中国新疆的白梭梭和梭梭居群的遗传多样性进行了研究。1.采用了11个ISSR引物。白梭梭4个居群的多态位点百分率为84.85%。不同居群多态性位点百分率在33.92%~40.35%之间;白梭梭的Shannon多样性指数0.3518,Nei遗传多样性指数为0.3482;白梭梭总的基因多样性为0.3488,居群内的基因多样性为0.1312,遗传分化系数为0.6238,基因流为0.3016;白梭梭梭梭居群遗传一致度的变化范围为0.6221~0.7239,遗传距离最小的为吐鲁番居群和乌苏居群;2.梭梭8个居群的多态位点百分率为89.23%。不同梭梭居群多态性位点百分率在23.42%~ 45.05%之间。梭梭的Shannon多样性指数为0.5060,Nei遗传多样性指数为0.3362。梭梭总的基因多样性为0.3357,群体内的基因多样性为0.1216,居群间遗传分化系数0.6378,基因流为0.2840。梭梭居群遗传一致度的变化范围从0.6414~0.7942,莫索湾和乌苏遗传距离较近。白梭梭与梭梭居群间均出现了一定的遗传分化;根据Nei’s遗传距离利用MEGA软件构建了居群的遗传关系UPGMA聚类图。根据分析结果,新疆白梭梭与梭梭居群都具有较高的遗传多样性,说明梭梭属植物并非由于遗传多样性的缺乏而致危,还受其它因素的制约。白梭梭和梭梭居群的保护首先要加强现有资源和生境的保护,其次需要加强人工繁育的力度。