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肠道病毒(Enterovirus,EV)是一种能够引起人与动物临床上以消化、呼吸和神经系统紊乱为主要特征疫病的病原体,属于小RNA病毒科(Picornaviridae)肠道病毒属的成员。本实验室于2014年从发生严重腹泻的山羊群中分离获得了国际上首株山羊肠道病毒CEV-JL14株。测定与分析该病毒株的完整基因组序列发现,CEV-JL14病毒株是一种不同于EV-E、EV-F和EV-G种肠道病毒的新种肠道病毒,目前被国际病毒分类委员会(ICTV)暂时收录为EV-G20的参考毒株。羊肠道病毒感染作为新发传染病,广泛发生于国内不同地区的羊群,给养羊业造成了较为严重的经济损失。虽然在该病毒的检测和诊断方法等方面取得了一些进展,但不同地区羊群感染该病毒的流行病学本底及不同地区流行的病毒株是否存在差异等许多问题缺乏研究。本研究基于实验室前期建立的检测山羊肠道病毒CEV-JL14毒株的方法,开展了不同地区羊肠道病毒感染的流行病学研究,分离了不同地区羊肠道病毒毒株,破译了分离毒株的完整基因组序列及确定了不同毒株的分子差异与遗传变异。主要结果如下:一、揭示出国内部分地区羊肠道病毒感染的流行病学本底应用检测羊肠道病毒抗原的双抗体夹心ELISA方法,对宁夏、吉林、山东、河南及内蒙古部分地区发生腹泻的羊群进行了肠道病毒感染的流行病学调查。结果发现,不同地区羊群均存在不同程度的羊肠道病毒感染,感染率在25.7%~52.7%之间,该结果为本病的防控提供流行病学理论依据。二、病毒的分离鉴定及完整基因组序列的测定应用从不同地区样品中ELISA检测为阳性的部分粪便样品,接种Vero细胞进行病毒分离,共分离获得6株山羊肠道病毒和1株绵羊肠道病毒,分别命名为:JL-LS34、JL-LS127、JL-LS165、JI-LS174、NMG-F37、SD-S68和NX-DR26,其中NX-DR26为国内分离获得的首株绵羊肠道病毒株。分离株的理化学及免疫学特性鉴定结果显示,分离毒株与CEV-JL14毒株具有相似的特性。根据羊肠道病毒参考毒株的完整基因组序列,设计引物,应用RT-PCR扩增出7株分离毒株的基因组片段,破译出分离株的完整基因组序列,发现分离株基因组的非编码区长度存在较为明显差异。三、羊肠道病毒株的分子差异及遗传变异分析利用生物信息学等方法对分离株的遗传变异进行了分析,结果显示分离株与CEV-JL14的全基因组及5’UTR序列的同源性分别为79.2%~87.8%和89.0%~95.1%之间;应用全基因组、ORF及3C+3CD基因序列进行遗传进化树分析,结果显示分离获得的羊肠道病毒处于不同于EV-E、EV-F和EV-G种肠道病毒的分支,为新的肠道病毒种,表明羊肠道病毒与EV-E、EV-F和EV-G存在差异;对羊肠道病毒与猪肠道病毒(PEV)的差异性(divergence)和P-距离(p-distance)进行了分析,结果显示,多数羊肠道病毒与PEV P1和3CD基因氨基酸序列的P-距离值分别为0.29~0.34和0.1~0.12,分别符合ICTV的不同种EV分类标准值(0.19~0.59和0.1~0.48),进一步确定羊肠道病毒是不同于EV-E、EV-F和EV-G种的新种肠道病毒,我们建议将其列为EV-X。依据VP1基因分型方法,确定了分离的羊肠道病毒株可分为4种不同基因型,分别命名为EV-X1、EV-X2、EV-X3和EV-X4。其中3种基因型为首次报道。对不同分离株VP1基因的分析发现,该基因具有多样性,存在较多碱基的替换与缺失及点突变,且部分点突变导致了氨基酸序列的变化。对分离毒株潜在的重组事件分析结果显示,JL-LS174分离株的非结构蛋白区域(4500 bp~7200 bp)存在重组事件,表明JL-LS174毒株可能源于CEV-JL14和LLT03毒株的重组。本研究确定出国内部分地区羊肠道病毒感染的流行病学本底;分离获得7株羊肠道病毒及国内首株绵羊肠道病毒;破译出分离毒株的完整基因组序列;确定出羊肠道病毒是不同于EV-E、EV-F和EV-G的新种肠道病毒及羊肠道病毒存在4个基因型;揭示出不同地区的羊肠道病毒存在明显的遗传差异,上述结果为今后羊肠道病毒感染的深入研究和防控提供了理论依据。