迟缓爱德华菌（Edwardsiella tarda,简称Et）常存在于水体环境及水生动物中，感染宿主范围广，为兼性胞内菌，而Et菌为适应各种宿主体内环境及外界环境，必需快速调整自身的毒力基因表达。因此，Et基因组中可能存在着调节基因表达的分子，如非编码RNA，又称small RNA（sRNA）。但目前有关Et菌sRNA的报道很少，通过对Et菌sRNA的研究，发现了具有调节细菌毒力的sRNA_EsR240。本文主要分为以下几个部分:　　第一章根据ET13菌RNA-Sequencing（简称RNA-Seq）的结果，结合生物信息学方法，开展了对ET13sRNA的分析，首先对该菌株符合一定条件的基因间的非编码区进行提取，获得5838个新转录本，然后与蛋白库注释基因相比对，比对不上的作为候选sRNA，共得到310个候选sRNA。将这些候选sRNA与sRNA库（sRNAMap、sRNATarBase和SIPHT）比对，得到16个已注释的sRNA。用软件Promoter2.0和RNAMotif将剩余未注释的294个sRNA进行启动子和ρ-非依赖型终止子的预测，共发现13个具有启动子和ρ-非依赖型终止子的新sRNA，并分别命名为EsR77、EsR128、EsR139、EsR150、EsR169、EsR190、EsR213、EsR214、EsR240、EsR255、EsR261、EsR285和EsR289。　　首先将对数期的ET13在pH6.3的LB中培养2h，RT-PCR结果显示在预测的13个sRNA中，仅有8个sRNA有转录水平。对数期ET13菌分别在不同pH（4，5）的LB、营养缺乏培养基（GEM）、含不同浓度H2O2（50mM，100mM，200mM，300mM，400mM）的LB和含不同浓度氯化钠（100mM，200mM，300mM，400mM，500mM）的LB分别培养2h，用RT-PCR检测这8个sRNA的转录水平，结果表明，在上述应激条件下，这8个sRNA的转录水平是不同的，其中3个sRNA（EsR128、EsR139、EsR240）在上述条件下转录水平均较高。用Northern blot[1]验证了EsR240在对数期和稳定期均具有转录功能，它的大小是596bp。用快速扩增cDNA末端（Rapid amplification cDNA end,RACE）实验，进一步确定了EsR240的转录起始位点和终止位点。采用BLAST对EsR240的保守性进行分析，结果表明，EsR240序列在Et菌中具有高度同源性，符合sRNA的特征。IntaRNA软件预测EsR240的靶基因，根据自由能低到高的顺序，选择了前8个自由能较低的靶基因。这8个靶基因中包括了ABC转运结合蛋白，膜蛋白，渗透酶以及钠：质子逆转录酶、糖苷水解酶等。水解酶和转运体等与细菌的代谢活动相关，EsR240可能参与调节细菌的代谢和生长。　　第二章为了进一步研究EsR240在ET13中所发挥的生物学功能，首先采用自杀质粒同源重组的方法构建了ET13菌的EsR240缺失株。合成EsR240两侧的片段与自杀质粒pHM5连接，构建重组自杀质粒pHM5-F1-F2，并转化至SM10细菌中，将含重组自杀质粒的SM10与ET13按照1：4比例进行接合转移，菌落PCR筛选在Amp与Col平板上阳性克隆，鉴定接合子，然后将接合子涂布在20%蔗糖与Col平板上，将生长出的菌落分别接种在Amp与Col双抗平板和Col平板上，选择仅在Col平板上生长的菌落，PCR鉴定缺失株，并测序，最终获得EsR240缺失株。然后构建EsR240互补株，分别对pACYC184质粒与EsR240目的片段进行双酶切，连接转化至DH5α构建重组质粒，鉴定成功后将重组质粒通过转化入EsR240缺失株感受态中，构建EsR240互补株，PCR进行鉴定。　　第三章首先比较野生株ET13及其EsR240缺失株在不同应激条件下存活率，然后比较它们在巨噬细胞胞内生长和在小鼠体内存活，结果表明，EsR240的缺失影响了Et在酸性LB（pH4.0），氧化LB（含0.4M H2O2）及高渗透LB（含0.5M NaCl）中的生长，实验结果也显示EsR240的缺失影响Et菌在巨噬细胞内的生长及在小鼠肝脏和脾脏的生存能力。进一步进行了ET13菌野生株和EsR240缺失株的LD50实验，结果表明，EsR240缺失株的毒力比ET13菌野生株弱6.79倍。　　本研究通过ET13菌RNA-Seq的结果及生物信息学方法开展了ET13菌sRNA的预测工作；并且通过实验验证候选的sRNA的转录表达，发现EsR240在各种条件应激条件下，转录水平均较高；进一步寻找EsR240的起始位点和终止位点，及其靶标基因，构建EsR240缺失株和互补株，并揭示sRNA_EsR240调节ET13菌体外应激、胞内生存及毒力的重要作用。