知识产权保护与限制，是现代创新机制的矛与盾。没有对知识产权的保护，就不会有充足的创新动力，社会也就难以持续健康发展；而没有对知识产权的限制，知识产权就可能蜕变为阻碍科技进步、危害公共利益的工具。随着国际经济与贸易的飞速发展，国家间的交往与联系正在增强，对知识产权的保护逐渐超出了国家的范围，迫切要求加强国际协作，这种要求集中体现在TRIPS及与之相关的各项国际条约和协议中；与此同时，国际知识产权保护并没有像人们最初预期的那样为发展中国家和最不发达国家的公共利益、公众健康提供保护，相反却提高了这些国家获得专利产品的门槛，加剧了公共健康危机，与国际人权思想和人道主义观念背道而驰。国际社会，特别是发展中国家和最不发达国家，对知识产权进行适当限制的呼声越来越高。上述矛盾，在专利强制许可及补偿问题中表现的尤为突出。专利强制许可及补偿是知识产权制度中平衡发达国家与发展中国家利益、专利持有人和被许可人利益的重要工具。专利强制许可及补偿问题的发展历程堪称一部波澜壮阔的史诗，在国际社会上经历了百余年惊心动魄、生死存亡的斗争与妥协。本文以法经济学分析方法为视角，以利益分析（发达国家、发展中国家的不同利益，专利持有人和被许可人的不同利益）为工具，依托具体案例，详尽地考察了专利强制许可及补偿问题在国际、国内社会中的发展史，认真分析了专利强制许可制度的利弊，对专利强制许可补偿标准及补偿费计算方法进行了仔细研究。在此基础上，对如何完善我国专利强制许可制度进行了初步思考。本文共分为四部分，第一部分对专利强制许可制度内涵、特征、事由进行了界定，概述了专利强制许可制度的历史沿革，从法经济学角度对专利强制许可制度进行了详尽分析；第二部分详细考察了TRIPS第31条、《多哈宣言》、《执行多哈宣言第六段的决议》、《修改TRIPS协议议定书》对专利强制许可制度的规定和完善，通过分析凸显了发达国家和发展中国家、专利持有人和被许可人之间的利益冲突，为后文明确我国在专利强制许可及补偿问题上的立场做了充分铺垫；第三部分具体研究了专利强制许可补偿问题，尤其是补偿标准和补偿费的计算方法，明确了确定强制许可补偿费应考虑的因素，比较了可比价格法、市场价格法、成本加利润法、共享利润法、侵权损害赔偿法、固定比例法的优劣，并在参考相关发展中国家实践的基础上，简单地探讨了完善TRIPS强制许可补偿费问题的途径；最后一部分在简单考察强制许可及补偿问题在我国的发展历程基础上，对如何完善我国专利强制许可制度进行了初步思考，比如充分利用强制许可制度，以便在国际竞争中充分维护我国的国家利益；明确界定相关概念，以便提高立法的可操作性；合并专利强制许可决定和专利强制许可补偿费决定程序，将司法审查修改为行政复审、缩小复审范围、细化审查时限等。实际上，这些问题与中国现实更具相关性，不过因文章篇幅和个人能力所限，在本文中无法深入展开，只能待今后继续研究。