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鸡肉生产对全球食品安全至关重要。长期以来,亚治疗剂量的抗生素在养鸡行业中被广泛用作促生长剂,并导致了抗生素抗性问题,对公共健康产生了威胁。博落回提取物(MCE)是一种植物源的天然促生长剂,其主要有效成分为苄基异喹啉生物碱,能替代抗生素产生促生长的效果。虽然各类促生长剂的作用机制尚未被完全解析,但已明确肠道微生物在其中有重要作用。为了更好地研究肠道微生物的促生长作用机制,本研究建立了一种从鸡肠道内容物中提取宏基因组DNA的方法,并构建了首个鸡肠道微生物宏基因集。然后在此基础上,研究了鸡的前肠与后肠微生物菌群的不同特征和随时间变化的规律。在鸡的饲料中添加博落回提取物(MCE)和金霉素(CTC),均能提高鸡的生长性能,并且影响前肠微生物的菌群特征。博落回提取物(MCE)增强了前肠中益生菌乳酸菌属(Lactobacillus)的相对丰度,也增强了菌群中氨基酸、维生素和次级胆汁酸的生物合成通路,为宿主提供了营养补充。金霉素(CTC)促进了天然生产抗生素的北里孢菌属(Kitasatospora)和链霉菌属(Streptomyces),并且增强了抗生素、脂肪酸、不饱和脂肪酸和次级胆汁酸的微生物合成通路。本研究解析了前肠微生物的重要作用,并揭示了两种促生长剂的作用机制。金霉素(CTC)的使用会增加抗生素抗性基因(ARGs)积累的风险,开发安全有效的天然促生长剂具有重要意义。