论文部分内容阅读
背景:由于各种新发和再发的感染性疾病持续出现,目前全球感染性疾病现状严峻,病原体呈现多样化和复杂化,严重威胁公众健康。而目前临床应用的常规病原学检测方法普遍存在时效性差、灵敏度低、覆盖度不全等显著缺点。既往研究报道新兴检测技术宏基因组测序（m NGS）具有高效、精准的显著特点,有望成为感染性疾病诊断的重要手段,是近年来的热门课题。目的:初步探讨基于m NGS在急诊、ICU感染性疾病（呼吸系统、血流、中枢神经系统感染）病原微生物鉴定中的应用价值。方法:选取2019年12月~2021年09月北京大学深圳医院急诊病房和ICU收治的112例确诊或疑似为感染性疾病的患者,作为连续入组的研究对象,进行单中心回顾性队列研究。研究对象按照采集标本的类型分为3组:肺泡灌洗液组（63/120）、脑脊液组（15/120）和血浆组（42/120）,同时收集各组标本m NGS检测结果和相应患者的常规培养（肺泡灌洗液常规培养、痰培养、脑脊液常规培养、血培养）检测结果等数据,分别对3组患者标本的病原体检出情况及病原体检出类型、检测耗时、检测费用进行比较,并对m NGS在特殊感染诊断及指导治疗方面的应用价值进行分析评价。另外对确诊为脓毒症或脓毒性休克的患者应用m NGS和常规培养的检测效果进行比较和评价。结果:1.本研究中3组标本的m NGS病原体检出阳性率、灵敏度、特异度与常规培养相比较:（1）肺泡灌洗液组:m NGS阳性率92.06%（58/63）高于肺泡灌洗液培养阳性率31.75%（20/63）和痰培养阳性率79.37%（50/63）,P值均＜0.05,差异具有统计学意义;m NGS灵敏度82.76%（48/58）高于肺泡灌洗液培养灵敏度34.48%（20/58）,且P值＜0.001,差异具有统计学意义;m NGS特异度与肺泡灌洗液培养特异度相比,m NGS灵敏度、特异度与痰培养灵敏度、特异度相比,P值均＞0.05,差异无统计学意义。（2）血浆组:m NGS阳性率64.29%（27/42）高于BC阳性率26.19%（11/42）,且P值＜0.001,差异具有统计学意义;m NGS灵敏度71.05%（27/38）高于BC灵敏度26.32%（10/38）,P值＜0.001,差异具有统计学意义;m NGS特异度与BC特异度相比,P=1.00,差异无统计学意义。（3）脑脊液组:m NGS病原体检出阳性率与脑脊液培养阳性率比较m NGS阳性率60.00%（9/15）高于脑脊液培养阳性率13.33%（2/15）,P=0.04,差异具有统计学意义;其m NGS灵敏度、特异度与脑脊液培养灵敏度、特异度相比,P值均＞0.05,差异无统计学意义。2.本研究中肺泡灌洗液组m NGS检出类型中病毒检出率为43.10%（25/58）,血浆组m NGS病毒检出率74.07%（20/27）,脑脊液m NGS病毒检出率为44.45%（4/9）,而常规培养法均未检测出病毒;m NGS混合感染检出率51.72%（30/58）高于肺泡灌洗液培养混合感染检出率15.00%（3/20）、痰培养混合感染检出率18.00%（9/50）,P均＜0.05,差异有统计学意义。3.本研究中m NGS平均检测周期（1.93±0.26）天均短于肺泡灌洗液培养、痰培养、血培养的平均检测周期,且P值均＜0.05,差异有统计学意义;而m NGS平均检测周期与脑脊液培养周期比较,t=-0.35,P=0.73,差异无统计学意义。4.本研究中m NGS与常规培养法检测费用比较,m NGS检测费用2800元/人份,常规培养方法费用约100~280元/项不等,m NGS检测费用明显较常规检测方法高昂。5.本研究中应用m NGS检测出16例特殊病原体感染（1/16例新型冠状病毒、1/16例狂犬病毒、1/16例问号钩端螺旋体、1/16例贝纳特柯克斯体、3/16例分枝杆菌、3/16例单核细胞增生李斯特菌、5/16例耶氏肺孢子菌、1/16例人类腺病毒）。该16例特殊感染中m NGS检出阳性率100.00%（16/16）高于常规培养阳性率25.00%（4/16）,Fisher精确概率法检验P＜0.001,差异具有统计学意义。6.肺泡灌洗液组的63份m NGS结果中有4/63份标本检测出病原体耐药基因,4例患者均有全身感染表现重、进展迅速或使用抗菌药物疗程较长的临床特点,检测结果结合实验室药敏试验可为临床医生制定和调整抗感染方案起到一定的指导作用。7.本研究中确诊为脓毒症或脓毒性休克患者共38例,其中m NGS阳性率89.47%（34/38）高于常规培养阳性率71.05%（27/38）,χ2=4.07,P=0.04,差异具有统计学意义;m NGS联合常规培养阳性率94.74%（36/38）高于常规培养阳性率71.05%（27/38）,χ2=7.52,P=0.01,差异具有统计学意义。结论:1.与常规培养方法相比较,m NGS技术具有检出阳性率更高、覆盖度更广、敏感性更强、混合感染检出率更高、检测周期更短的优点,尤其是在严重的呼吸道感染患者的肺泡灌洗液检测中优点显著。但目前m NGS检测费用较常规培养方法昂贵。2.急诊科及ICU具有检测适应征的重症感染,相较于开展常规培养方法,采集适宜类型的标本尽早联合开展m NGS检测,在病原体检测时效性、临床诊断一致性,以及为临床医生制定或调整治疗方案提供指导和依据,从而改善患者临床预后等方面具有一定优势;特别是在鉴定如病毒、结核分枝杆菌、钩端螺旋体等罕见菌、苛养菌,以及疑似具有传染风险的特殊类型病原体感染中优势较为明显。3.m NGS技术在病原体抗生素耐药基因检测中具有一定的潜力,复杂性感染或多重耐药的感染患者抗感染治疗效果不佳时,应用m NGS可对病原体耐药基因进行检测和动态监测,从而指导临床医生调整适宜的治疗方案。