本文研究了两种通用的磷酸化短肽(或蛋白)检测方法：大肠杆菌碱性磷酸酶突变体修饰的芯片；Fe3+-NTA修饰的芯片。第一种芯片的制备首先是通过overlap PCR的方法，对大肠杆菌碱性磷酸酶进行了定点突变，通过对所获得的一系列突变体的性质分析，筛选了适合的突变体S102L，酶动力学分析表明该突变体的酶催化活性降低了近1000倍，而Km变化不大。进一步以蛋白激酶A底物kemptide为模式底物，利用BIAcore3000测试，获得了S102L与磷酸化短肽(Kemptide)的亲和力KD-76μM。为了制备可重复使用的S102L修饰芯片，首先改进了BIAcore系统中基于streptavidin包被芯片的固定方法，建立了一套基于streptavidin亲和标签的可逆固定方法。这种方法使streptavidin包被的芯片可以重复使用，大大降低了实验成本。第二种芯片的制备主要是基于Fe3+可以选择性地结合磷酸化短肽的特性，将Fe3+偶连在NTA芯片上，磷酸化短肽结合引起的质量浓度的变化可以通过BIAcore3000敏感地检测。实验中还选择了具有不同磷酸化模式的短肽及相应非磷酸化短肽来模拟不同激酶的产物和底物，利用S102L修饰的芯片，结合BIAcore3000生物传感器的使用，检测了其中四种磷酸化短肽。对于Fe3+-NTA芯片，成功地检测了全部的磷酸化短肽，其检测范围从纳摩尔到微摩尔级。进一步利用这种方法评价了三种激酶的活性，包括PKA，CDK1，Src激酶。