【摘 要】
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目的:喉鳞状细胞癌(Laryngeal Squamous Cell Carcinoma,LSCC)简称喉鳞癌,位居头颈部恶性肿瘤第二位,在我国北方省份高发,近年来其发病率亦有小幅上升趋势。喉鳞癌具有易侵袭转移的恶性生物学特点,特别是发生颈部淋巴结转移,患者预后较差。逐步解析喉鳞癌恶性增殖与侵袭转移的基因网络调控,对于我们从转录组学的角度进一步理解喉鳞癌发生发展的机制有着重要意义。既往研究(包括我们
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目的:喉鳞状细胞癌(Laryngeal Squamous Cell Carcinoma,LSCC)简称喉鳞癌,位居头颈部恶性肿瘤第二位,在我国北方省份高发,近年来其发病率亦有小幅上升趋势。喉鳞癌具有易侵袭转移的恶性生物学特点,特别是发生颈部淋巴结转移,患者预后较差。逐步解析喉鳞癌恶性增殖与侵袭转移的基因网络调控,对于我们从转录组学的角度进一步理解喉鳞癌发生发展的机制有着重要意义。既往研究(包括我们课题组研究)表明,hsa-miR-145-5p在包括喉鳞癌在内的多种肿瘤中扮演抑癌基因的角色,我们之前的研究也表明hsa-miR-145-5p在喉鳞癌中表达失调,且与预后相关,但hsa-miR-145-5p为中心的基因网络调控还不明晰,对于进一步研究其失调表达以及下游有效靶点有着重要意义。本研究旨在从竞争性内源性RNA(Competing EndogenousRNA,ceRNA)调控网络的角度出发,为进一步探究miR-145-5p在抑制喉鳞癌恶性进展中的分子机制提供新的思路。方法:将喉鳞癌细胞分成2组进行培养,分别使用miR-145-5p过表达模拟物和对照组(NC)模拟物进行转染。转染48h后提取RNA(每组重复3个样本),分别与LncRNA芯片(包括LncRNA、circRNA和mRNA探针)和miRNA芯片杂交,并用Agilent Scanner扫描芯片得到原始数据。用Genespring13.1软件对数据进行归一化处理,随后使用R语言包对数据进行预处理,基于p值<0.05以及差异倍数>2的筛选标准,得到差异表达的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA。利用数据库对差异性表达miRNAs进行靶基因预测并进行功能分析。利用生物学信息注释数据库DAVID对差异表达的mRNA进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路富集分析。利用生物信息学方法构建以miR-145-5p为中心的竞争性内源性RNA(Competing EndogenousRNA,ceRNA)调控网络。结果:根据微阵列芯片的结果,在miR-145-5p过表达的喉鳞癌细胞中筛选出了26个差异表达的微小RNA(DEmiRNA)、248个差异表达的信使RNA(DEmRNA)、1118个差异表达的长链非编码RNA(DElncRNA)和382个差异表达的环状RNA(DEcircRNA)。对差异表达的miRNA进行靶基因预测后共得到675个潜在靶基因,GO功能富集分析显示其生物功能主要与细胞黏附有关,通路分析显示差异基因主要富集在MAPK以及Fox O信号通路。上调的mRNA参与ABC转运体通路,下调的mRNA参与嗅觉转导通路。此外,共得到149个ceRNA调控关系对,这些调控关系的功能主要与凋亡、Wnt通路和代谢通路相关。q PCR结果证实了miR-145-5p对LSCC细胞中相关lncRNA、miRNA、mRNA和circRNA的表达存在影响。结论:喉鳞癌中hsa-miR-145-5p通过ceRNA来调控并形成复杂的基因网络,并可能通过其介导的重要功能性分子通路发挥抑癌的重要作用。例如:WNT2B-miR-145-5p-NONHSAT127539.2,CASP10-miR-145-5p-NONHSAT127539.2,CASP10-miR-145-5p-circ000351和TPO-miR-145-5p-circ 0003519等,这些通路可能发挥抑制喉鳞癌的重要生物学作用,为后续进一步研究hsa-miR-145-5p的抑癌功能提供了新的思路。
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