万里作为农村改革的积极推动者和支持者，在安徽任职期间和在中央主管农村、农业工作期间形成了关于农村改革的思想，为中国农村改革道路的开辟和新时期中国农村建设作出了突出贡献。在推进改革的过程中，万里不畏艰险，大胆创新，始终站在广大农民的立场上，为农村改革创造良好的体制环境和政策支持。在领导安徽农村改革的过程中万里提出农村发展需要调查研究，只有政策合理才能推动农村发展，责任制是推动发展的制度创新，改革必须突破旧观念的思想，并将这些思想运用到指导农民的改革实践中，积极推动农村经营管理体制的变革，支持和推广包产到组、包产到户和包干到户等责任制形式，激发起群众的智慧，调动了群众的生产积极性，使安徽农村改革取得突破性进展。在农村改革全面展开的过程中万里又进一步阐述了其农村改革思想。他公开肯定包产到户、包干到户是社会主义性质的生产责任制，为把农村改革推向全国，主持制订了五个中央一号文件，绘制出新时期中国农村改革的新蓝图，主张大力发展农村商品经济，改革应走市场经济之路。他还主张加强各级党组织建设和社会主义民主法制建设，为农村改革提供坚强领导和制度保证。万里的农村改革思想具有鲜明的特色，他将改善农民生活与发展农村生产力结合起来，注重改革的突破口选择与改革的系统性推进相结合，尊重农民的首创精神与政党责任的互动，在中国农村改革和社会主义现代化进程中具有重要的指导意义。