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本研究选用22份南丰蜜橘、6份其他南丰地方柑橘品种和4份近缘种为试材,对其基因组DNA进行了提取。通过SSR引物筛选和SSR-PCR扩增,构建了南丰蜜橘SSR指纹图谱,并对其遗传多样性进行了分析,主要研究结果如下：(1)采用改良CTAB法和微量提取法提取供试样品的基因组DNA,均得到高质量DNA,并可以用于SSR-PCR扩增。其中微量法有着需样少,用时短,省时省力的特点。(2)从91对柑橘SSR引物中筛选出13对多态性高的引物,共扩增得到67个等位基因,等位位点数量在3～8之间,每对引物平均可以检测到5.15个等位基因位点。多态信息含量PIC值的变化范围为0.326～0.680,平均的多态信息含量为0.482,PCR扩增得到的基因片段长度变化范围在90～400bp之间。(3)利用筛选得到的13对SSR特征引物构建了南丰蜜橘SSR指纹图谱。除不能将SS-2,SS-7, SS-12与QB-8区分外,其余种质资源均能区分。(4)以遗传相似系数0.59为界,能够将32份供试样品分为八大类,其中南丰蜜橘小果系杨小26、SS-1、SS-2、SS-7、SS-9、SS-12、SS-14、SS-28、LX-10、LX-17、 LX-21、ST-3、QB-5、QB-8、QW-3、97-1、97-2,桂花蒂,早熟系LS-1,早熟系97-1,大果系LS-1,大果系97-1,蜜广聚为一类,记为A,说明蜜广与南丰蜜橘有较近的亲缘关系；小叶广、火广、火橘聚为一类,记为B；红广、温州蜜柑、桠柑、红橘、本地早、金柑各为一类,分别记为C、D、E、F、G、H,亲缘关系较远。在遗传相似系数为0.70时,A类可以分为2个亚类：a亚类为小果系杨小26、SS-1、 SS-2、SS-7、SS-9、SS-12、SS-14、SS-28、LX-10、LX-17、LX-21、ST-3、QB-5、 QB-8、QW-3、97-1,桂花蒂,早熟系LS-1；b亚类为小果系97-2,早熟系97-1、大果系LS-1、大果系97-1和蜜广。各南丰蜜橘品系未单独聚类,但小果系主要集中在a亚类。遗传相似系数在0.90以上的有：小果系SS-1与QW-3；小果系SS-9与SS-28；小果系SS-2、SS-7、SS-12、SS-14、LX-21与QB-8；早熟系97-1与大果系97-1。其中小果系SS-2、SS-7、SS-12与QB-8的遗传相似系数达到了1.0,可能为同物异名。