中共十八大以来，通过深化党和国家机构改革，实现了党和政府组织结构与管理体制的系统性、整体性重构，形成了适应新时代发展要求的党和政府机构职能关系架构体系，为完善中国特色社会主义制度、推进国家治理体系和治理能力现代化提供了有力的组织保障。党政机关合署办公改革作为党和国家机构改革的关键环节，以促进党政机关职能关系的协同性和相互融合为目标，在健全党的领导体系的基础上，系统构建党政机关职能关系。以党政机关合署办公促进党政机关职能关系协调，必须坚持党的集中统一领导，坚持职能优化协同高效，坚持依法协调党政机关职能关系，坚持党政机关职能关系在中央与地方上的协调等。
　　在全面推进依法治国的背景下，党政机关职能关系法律协调是其最基本、最重要的保障，只有抓住党规和国法关系协调这个“牛鼻子”，才能实现党政机关职能关系的协调。本文所讲的党政机关职能关系法律协调，是以党政机关合署办公为切入点，在对相关概念界定的基础之上进行分析的，即从建构党政机关职能关系法律协调的依据出发，探寻二者法律协调的价值诉求，并通过分析目前其法律协调的缺陷及其原因，提出党政机关职能关系法律协调必须坚持的基本遵循和具体实施途径，从而为探究党政机关职能关系法律协调提供可行途径，为实现党政机关职能关系重构提供有益借鉴。
　　本论文主体分为四部分。第一部分是关于相关概念的界定。以党政机关合署办公为切入点，研究党政机关职能关系法律协调，需对相关基础概念进行界定，从而明确并规范研究范围。通过对党政机关的职能、党政机关职能关系、党政机关职能关系法律协调、党政机关合署办公四个基础概念的界定，划定了研究范围的界限。本文所研究的党政机关职能限定于党的工作机关与行政机关的职能；党政机关合署办公只限于党的工作机关与行政机关之间的这种特殊形式的合署办公；党政机关职能关系在党政机关合署办公下呈现出新的特点，实现党政机关职能关系法律协调，不仅有一般法律意义上相协调的要求，还有党规与国法相协调的特殊要求。
　　第二部分是关于党政机关职能关系法律协调依据的论述。在党政机关合署办公条件下，党政机关职能关系法律协调必须有充足的依据做支撑。主要有理论、现实、法律与党内法规三个方面的依据。一是理论依据，包括马克思主义政党学说与法治理论、中国共产党的领导与依法执政理论。二是现实依据，包括中国特色社会主义政治体制改革的实践、中国共产党一党执政的法律地位。三是法律与党内法规依据，包括中华人民共和国宪法、国家其他法律及相关党内法规。
　　第三部分是关于党政机关职能关系法律协调的价值诉求及缺陷的论述。首先分析党政机关职能关系法律协调所要追求的价值目标，提出其价值目标（即价值诉求）体现在三个方面：加强党的领导与优化党政关系相结合；实现党内法规与国家法律相衔接；促进机构精简与提高效率相结合。依据这些价值诉求的实现条件，探究法律协调中存在的缺陷及其原因，指出目前党政机关职能关系在法律协调方面主要存在四个缺陷：相关法律法规缺失或不完善；相关组织法律法规需要细化；已有的相关组织法律、法规实施不到位；党政机关职能关系法律协调的内外监督不完善。究其根源，主要有组织法律法规体系自身的复杂性、政策与法律不分现象的存在等方面的原因。本章的研究目的，在于为实现党政机关职能关系法律协调的实践研究进行铺垫。
　　第四部分是基于实践论和方法论相统一基础上的关于党政机关职能关系法律协调的基本遵循及实施途径方面的研究。实现党政合署办公条件下的党政机关职能关系的法律协调，在方法论上既需要坚持一定的原则指引，也需要有具体的实现方式。基本遵循就是原则指引：包括树立党政机关职能关系相协调的法治意识、促进上下级机关与同级机关内部关系的协调、坚持系统整合与差异化治理相结合。实施途径就是具体实现方式：包括科学区分党政机关职能关系的统一性与差异性、厘清党规国法有关党政机关职能配置的不协调因素、加快推进党政机关职能关系法律协调立法、加快构建党政机关职能关系法律协调内外监督机制等。