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魁蚶(Scapharca broughtonii)又称大毛蛤、赤贝、血贝,隶属软体动物门、瓣鳃纲、翼足亚纲、蚶目、蚶科、毛蚶属。主要分布于西太平洋日本、韩国、中国沿海及俄罗斯东南部沿海。在中国,北起鸭绿江,南至广西均有分布,其中以辽宁、山东资源最为丰富。多栖息在3~50米水深处,是一种营埋栖生活的冷水性大型双壳贝类。魁蚶是一种优质的高蛋白、低脂肪食品,其营养价值高,味道鲜美,具有良好的市场前景和开发利用价值。但随着增养殖规模的不断扩大,其病害问题日益显著。2012年、2013年大连、山东多处育苗场暴发魁蚶种贝大规模死亡事件,本实验室从患病魁蚶体内分离出一种球形病毒,通过测序比对,证明其为牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)。为探明OsHV-1对魁蚶的致病性,本研究使用患病魁蚶组织制成病毒悬液进行感染实验。感染实验分为空白组,阴性悬液注射组和病毒悬液注射组,并使用实时定量PCR法对感染后魁蚶体内病毒的时空分布进行检测。实验结果表明,空白组和阴性悬液组魁蚶感染后未检测到病毒粒子,病毒悬液注射组魁蚶经人工感染后,各部位组织中病毒含量都呈先上升再下降随后又上升的趋势,最终达到106拷贝/ng DNA左右。通过电镜观察,在感染魁蚶的鳃、肝胰腺、外套膜中出现细胞核染色质边缘化甚至消失,细胞核肿胀、溶解,核仁消失,核膜扩张、不清晰,线粒体肿大,脊崩解,核糖体脱落等一系列细胞病理变化。在其细胞核和细胞质中均能发现大量直径为90~110nm球形病毒粒子,该病毒粒子具囊膜,囊膜内可见均匀的高电子密度的核衣壳,与自然患病魁蚶负染电镜中的病毒粒子形态相同。研究结果表明,OsHV-1可以感染魁蚶并与魁蚶大规模死亡有直接相关关系。目前针对该病毒的致病性、流行规律已经开展了相关研究,但是对于该病毒与魁蚶宿主间的相互作用机制的了解还很有限。本研究分别利用第三代测序技术PacBio RSII平台和第二代测序技术Illumina MiSeq平台构建魁蚶转录组文库。三代测序数据采用SMRT-Analysis Pipeline对所得序列进行分析,质控后共获得85,127条reads,其中有46,265条全长cDNA转录本,全长read平均读长为51,903bp。以魁蚶三代转录组测序组装结果为参考序列,采用Trinity v2.1对所得序列进行de novo拼接,共获得unigenes(>200bp)276,997条,N50长度为1.35kb,平均长度508bp。对拼接结果进行注释,共74,529条序列获得GO号。用二代测序结果对魁蚶转录本进行基因差异表达分析,获得差异基因2998个,上调基因933个,下调基因2065个,筛选得到免疫相关基因1585个,主要包括热休克蛋白基因、信号转导基因、细胞凋亡基因以及细胞因子。本研究利用三代测序得到的全长转录本对其中的khHSP70、khHSP90、khHbI、kh HbIIA、khHbIIB等免疫相关基因进行了序列和结构分析,并且在魁蚶感染OsHV-1后其表达量均明显上调,证明其参与了魁蚶对OsHV-1的免疫反应。