基于创新型国家建设的高校科研人员激励问题是新时期深入贯彻“十二五”规划中“产学研创新联盟”的需要，也是高校科研管理更好地服务于创新型国家建设的需要。本文在明晰相关概念和相关理论的基础上，采用文献法、调查法、系统分析法和定性定量相结合的方法分析高校科研人员激励存在的问题及深层次原因，着力构建了基于创新型国家建设的高校科研人员激励体系，并给出了激励体系具体的实施保障建议。首先，确定研究目标和介绍相关理论。对国内外高校科研人员激励的研究现状进行了评述，结合西方激励理论和创新型国家建设相关理论的内容，为基于创新型国家建设的高校科研人员激励体系奠定了理论基础。其次，提出问题及进行原因分析。从不同角度分析高校科研人员激励存在的问题。探讨导致问题的原因，阐明深层次的原因在于没有从创新型国家建设的角度考虑高校科研人员激励问题，缺乏系统观念的指导。再次，构建基于创新型国家建设的高校科研人员激励体系。通过对高校科研人员科研需要结构的调查问卷进行数据统计分析，确定高校科研人员激励体系设计的各公共因素，并将创新型国家建设的有关观点有机融合到各构成因素当中，形成基于创新型国家建设的高校科研人员激励体系。最后，论证高校科研人员激励体系的可行性及提出具体的实施保障建议。从专家认可、理论、实践三个角度对基于创新型国家建设的高校科研人员激励体系进行了可行性分析。接着明确指出要在认识层面、高校外部政策支持机制、高校内部配套支持机制及实施效果评价反馈方面给予激励体系实施的必要保障，使得该体系在高校内部科研人员管理及服务创新型国家建设方面都能取得比较好的效果。