目的：分析胃肠道间质瘤的临床病理和分子生物学特征，探讨影响患者R₀切除术后的预后相关因素。方法：收集79例福建医科大学附属第一医院2002年8月至2008年12月收治的胃肠道间质瘤R₀切除术后患者的临床病理指标和分子生物学指标资料，采用门诊复查或电话进行随访，进行回顾性分析。结果：随访率为93.67%，中位随访时间为50（10-104）个月。79例患者的1年、3年、5年生存率分别为96.47%，74.68%，60.71%。1、单因素分析结果显示，胃GIST R₀切除术后患者的3年和5年生存率均高于非胃者；肿瘤直径≤10cm者、核分裂像数目≤5个/50HPF者、肿瘤包膜完整者的3年和5年生存率均高于肿瘤直径>10cm者、核分裂像数目>5个/50HPF者、肿瘤包膜不完整者；术后有口服甲磺酸伊马替尼者的3年和5年生存率均高于无口服甲磺酸伊马替尼者；NIH分级极低度和低度者的3年和5年生存率均高于中高度者；胃肠道间质瘤R₀切除术后患者的3年和5年生存率与性别、年龄、CD34、S-100、SMA、Actin、Vimentin无明显关系。2、多因素Cox分析结果显示，肿瘤部位、肿瘤大小、核分裂像数目、肿瘤包膜完整与否及术后有无口服甲磺酸伊马替尼是影响胃肠道间质瘤R₀切除术后患者预后的重要因素（P<0.05）。结论：肿瘤部位、肿瘤大小、核分裂像数目、肿瘤包膜完整与否及术后有无口服甲磺酸伊马替尼可作为评估胃肠道间质瘤R₀切除术后患者预后的重要指标。NIH病理危险度分级有助于预测GIST恶性程度及预后。