在医疗实践中患者就诊信息往往碎片化的分散在多家医疗机构中,各医疗机构间数据系统相互孤立,信息很难进行对齐和补全,而完整、长周期的患者诊疗数据获取对于医疗研究十分重要。传统用于数据整合的区域医疗数据共享系统,其中心式架构容易造成安全隐患,且系统复杂,构建较为困难。现有基于区块链的分布式数据共享系统,往往同步数据量过多,运行效率低,与医院系统结合度较低,存在隐私和数据泄露风险,难以很好的应用。如何在保障患者数据安全及隐私的前提下,实现跨机构患者信息的高效整合,对于数据驱动的临床研究具有重要意义。为解决跨机构患者信息关联的需求,本文设计并构建了基于区块链的跨机构患者数据对齐系统。文中的对齐概念在于将分散在各医院的患者数据的不同特征量以患者身份这一基准进行关联,在不暴露患者原始数据的前提下,实现不同医院数据库间信息的整合。系统采用基于哈希值组的密文匹配方法进行患者信息对齐,不需要建立全数据唯一性索引,同时减少了区块链同步数据量。此外,结合区块链、属性基加密和非对称加密实现权限控制及安全性保证。通过本系统可安全高效的实现跨医疗机构患者信息的关联、匹配、对齐及汇集,使研究者直观了解患者在多中心的数据分布状况。本文构建的跨机构患者数据对齐系统采用去中心化架构,较传统中心式区域医疗系统更安全、轻量、易实施;较现有的区块链临床数据共享系统,本系统通过优化患者匹配机制,减少同步数据量,运行效率得到有效提升。在临床数据测试下,节点间同步数据量减少为原来的10%左右,提升率为86%-91%,系统运行时间缩减为原来10%-30%,运行时间效率提高了60%-90%。本文提出的方法为跨医院患者数据关联、完整就诊记录获取和医疗数据共享研究提供了新的解决思路。