研究蛋白质功能是蛋白质研究中的核心内容之一，随着生物信息学的不断发展，生物倩息学方法成为了认识蛋白质功能的很重要的方法。本文首先给出功能蛋白质序列的混沌游戏表示，然后提出利用递归迭代函数系统来模拟功能蛋白质序列的混沌游戏表示，通过这种方法来分析功能蛋白质序列的一些特征从而认识蛋白质功能。我们将具有相同功能的蛋白质序列随机地连接成一条长的序列，这些连接而成的长的蛋白质序列被称为连按的功能蛋白序列。通过对随机连接的同功能蛋白质序列的实验计算分析，我们得出了如下几个结论：第一，随机连接的同功能蛋白质序列的馄沌游戏表不图郜具有明显的分形特征；第二，递归迭代函数系统对随机连接的同功能蛋白质序列的馄沌游戏表不的模拟效果都很好；第三，递归迭代函数系统对随机连接的同功能蛋白质序列的馄沌游戏表不进行模拟时，模拟的相对标准误差和转移概率矩阵基本与对同功能蛋白质序列的随机连接顺序无关；第四，对不同功能的随机连接的蛋白质序列模拟所得到的转移概率矩阵之问有着显著的差异，这也就说明随机连接的同功能蛋白质序列的混沌游戏表不和它们的递归迭代函数系统模拟所得到的转移概率矩阵都可以刻划不同蛋白质功能之间的差异。