我国于2016年新建立了公平竞争审查制度。而作为公平竞争审查制度的核心,主体制度的合理建构和完善将直接影响到公平竞争审查制度法律效力的发挥,进而影响整个市场公平竞争秩序的维护和保障问题,因此对我国公平竞争审查主体制度的研究显得十分必要和迫切。本文通过对《关于在市场体系建设中建立公平竞争审查制度的意见》、《公平竞争审查制度实施细则(暂行)》和《公平竞争审查第三方评估实施指南》三个相关文件的规范分析,提出了我国现行公平竞争审查主体制度的定义及分类;指出我国的公平竞争审查主体制度是以政策制定机关自我审查为主并承担全部法律责任,其他多主体协助参与但不承担法律责任的综合模式。其中其他协助主体包括第三方评估机构、反垄断执法机构等组织,也包括专家学者、法律顾问等个人。在明确了我国公平竞争审查主体制度的概念和运作模式的基础上,本文运用相关行政法学上的行政主体理论和行政管理学主体理论,进一步分析了我国现行公平竞争主体制度背后蕴藏的理论基础,并结合实务案例指出我国现行公平竞争审查主体制度主要存在以下缺陷:审查主体启动审查缺乏主动性,审查主体缺乏审查专业性,审查担责主体与行为主体不一致存在责权不统一问题等。他山之玉,可以攻石。为解决我国现行公平审查主体制度的缺陷,本文采取比较分析的方法,对域外美国、新加坡、韩国、澳大利亚、欧盟等国家和地区的公平竞争审查主体制度进行了考察分析,发现新加坡的自我审查模式验证了我国采取以政策制定机关为主的自我审查方式存在相应合理性;美国和澳大利亚外部审查模式弥补了政策制定机关自我监督存在的不足;韩国公平贸易委员会(KFTC)的模式以及欧盟的专门机构审查模式释明了审查专业把控的重要性。通过上述研究,并结合我国公平竞争审查主体制度的实施情况,本文就我国现行公平竞争审查主体制度的缺陷针对性提出了如下建议:建立上级抽查制度以加强监督性,弥补审查主体责权不统一问题;建立第三方评估机构的选拔机制以强化第三方评估机构选拔的透明性,保证审查的专业性;建立内部激励制度以激发各主体审查的审查主动性。通过这些辅助制度的建立以期不断完善我国的公平竞争审查制度主体制度,让其更好地发挥保障市场公平竞争秩序的作用。