高等学校内部治理结构的实质是高校适应现代社会复杂环境、提高治理水平的运行机制,利益相关主体在遵循内部发展逻辑和契合外部环境的互动博弈中实现力量平衡。单就参与治理的主体权力本身来看,就存在着政治权力强化、行政权力泛化、学术权力异化和民主权力虚化等一系列问题,由此引发高校政治权力与行政权力的绝对领导地位,以学术权力为代表的符合新时代高校治理精神的权力主体被退到了次要的位置。面对国家提出的“双一流”建设任务,无论是社会期许还是高校自身发展需求,都呼吁高校对内外部权力的位序进行重新划分,在高校建立一整套利益平衡机制。实际上,我国高校在完善内部治理结构方面已经进行了诸多积极有益的探索,出现了诸如复旦章程在内的革新性举措,对于我们进一步探索优化高校内部治理结构奠定了经验基础。然而由于当前的改革举措受到行政化和官本位思想的影响,大多数高校内部改革进程缓慢,并没有真正触及到学校教育的核心问题以及长期形成的教育管理体制的弊端,普遍表现为深化改革的文本要求和表面形式多、行动落实和可持续性举措少,内部治理结构效率低下。如何通过完善高校内部治理结构,探索出一条既符合高等教育发展规律又兼顾国情的中国式道路,构建有利于我国高校发展的长效治理机制,成为增强高校自主办学治校能力、推进现代大学制度建设的关键。本文综合利用了文献分析法、比较研究法以及案例研究法,首先围绕国内有关高校内部治理结构的研究成果、教育体制改革的政策型文件、国内部分高校已经公布的管理体制机制改革方案等内容进行文献分析,发现虽然国内学者对高校内部治理结构优化问题进行了一定的探索,却鲜有研究基于高等教育深化改革、简政放权背景下,高校亟需提升自主办学能力这一现实趋势进行全面且系统的研究。其次,在文献综述的基础之上,本文通过比较分析法研究国内高校的发展现状,进一步理清了治理结构优化设计的背景、现状、理念及思路；并通过比较国内诸如北京大学、清华大学、复旦大学、山东大学等具体案例,进一步发现高校内部治理结构在治理主体、组织设置、工作机制、推进方式等方面的共通点与不同点。再次,我国高校内部治理结构的优化与完善不是关起门来单纯通过挖掘历史线索就可以完成的,故而本研究以制度演进过程中共时性与历时性为着眼点,通过分析美国、德国以及英国等典型国家高校治理结构的生成及演进,梳理出各国高校治理结构变迁的内在差异及原因,为解析高校治理中治理结构与治理能力的关系问题提供指导。此外,通过实地调查、个别访谈、观察、问卷等具体方法为进行案例研究收集资料,主要以“某高校内部治理结构的理论逻辑是什么”为研究主题,以“决策体制”、“执行体制”、“监督体制”、“共同治理体系”、“董事会决策机制”、“激励与约束机制”、“信息披露机制”为考察变量设置相关访谈问题与问卷选项,用以了解与分析高校在推动内部治理结构革新的具体过程,从而通过案例研究得出归纳性的普遍结论,一方面为分析当前高校内部治理结构的弊端提供实践依据,另一方面为深化理论研究、创新高校内部治理结构提供经验支持。在研究工具上,本文借鉴行动者-系统-动力学理论的总体框架,从利益相关主体之间的利益博弈与平衡视角切入对高校内部权力主体及其互动、平衡关系进行研究,以行动主体、制度和环境三方面的分析框架统筹全文,将高校内部治理结构的优化置于国家简政放权的背景趋势下,研究得出如下四点结论：(1)高校内部治理结构由五种权力构成：以党委为核心的领导权力、以校长为核心的行政权力、以教授为核心的学术权力、以学生和一般教职工为核心的民主权力以及当前阶段影响高校发展的外部权力。(2)我国高校内部治理结构普遍存在的问题：高校内部治理结构普遍存在的问题：党政并行结构导致政治与行政力量冲突、权力梯形结构导致权力主体地位与权能不匹配、监管闭环结构导致管理和监督力量忌惮、运行交叉结构导致权力和责任界限混杂。(3)我国高校内部治理结构优化的目标与措施：通过建立政府官员、人大代表、政协委员、教育专家、社会贤达、学校代表、校友代表等多方利益相关代表参与组成的董事会,健全党委统一领导和社会多元参与的治理机制,形成高校内部各项权力相互制约的利益平衡机制。在措施的设计上,通过破除政府对高校内部管理的过分钳制、优化调整学术权力主体的权力位序、实现政治权力主体与行政权力的平衡互动优化对治理结构具有决定性影响的治理主体,同时对董事会的地位与权力边界进行重新界定,并且逐步拓展社会主体与校内民主主体的参与途径,良性调试环境要素,在互动反馈中健全组织的行为。(4)行动者-系统-动力学理论的适用性：行动者-系统-动力学理论能够全面反映主体、制度与环境之间的互动关系,具有全面性、系统性以及动态性的独特优势,该理论在研究高校内部治理结构变迁方面具有较强的适用性。