黑腹果蝇种组隶属于果蝇属的水果蝇亚属,至少包括180余种,按形态特征归为12个亚种组。到目前为止,对于黑腹果蝇种组来说,基于形态学,生物地理学和分子生物学的研究已经很多,但由于缺少足够多的系统发育信息,所以它的分类和系统发生关系至今仍然存在诸多争议。　　 用PCR扩增和克隆测序的方法获得了黑腹果蝇种组21个种的kek1基因和acp1基因的序列,经过分子进化分析表明这两个基因的编码区段高度保守,较高的Ks/Ka比值和GCⅢ含量显示其有受到纯化选择的痕迹。　　 以拟暗果蝇为外群,基于kek1基因和acp1基因序列,运用邻接法、最大似然法和贝叶斯法三种方法重建了黑腹果蝇种组的系统进化树,对其系统进化关系进行了分析,并利用bootstrap对分析结果进行了置信度检验。结果表明:黑腹果蝇种组明显聚集为三大系谱:即(1)ananassae亚种组;(2)montjium亚种组(3)melanogaster亚种组和所谓的东亚亚种组suzukii,elegans,ficusphila,eugracilis和takahashii组成独立的第三枝。关于melanogaster亚种组和东亚亚种组之间的进化关系,几种树的拓扑结构有所差异,其中D.eugracilis比D.ficusphila先分化,在melanogaster复合种中,D.mauritiana和D.sechellia亲缘关系最近。