随着医疗科技的发展,大规模生物数据库的建设以及基因测序能力的大幅提升,产生了海量的生物医学数据。在积累生物实验数据的同时,也积累了大量的非结构化文献数据。对文献数据进行整合分析,从中提炼出更多的生物医学信息,有助于了解疾病发生发展的机制和过程,促进疾病的诊治。传统的手工分析和注释的方法已经难以适应快速的文献增长,国内外已经有越来越多研究者关注文献挖掘方法的研究。现有方法多是基于“共现”原则,结合自然语言处理的方法进行语义分析和语法处理,一定程度上限制“潜在”关系挖掘和待分析文章数量。且研究对象主要集中在疾病层次,目前还没有比较权威的针对一种特定的肿瘤疾病,综合现有文献数据,挖掘疾病相关临床术语与基因潜在关系的研究。因此,本论文提出一种潜在关联分析的文献挖掘方法。并针对典型肿瘤疾病结直肠癌,以促进肿瘤精准防治为目标,将方法应用到结直肠癌临床-组学关系挖掘中,并结合生物医学知识,对挖掘结果进行深入探究和分析。具体工作如下：提出一种基于MeSH主题词的文献挖掘方法,能够将复杂的关联分析转化为矢量间的数学运算,实现定量分析,同时避免“共现”原则带来的限制,为潜在关系挖掘提供一种新的思路;选取结直肠癌为研究对象,将本文提出方法应用于结直肠癌临床-组学关系挖掘。并结合组学分析工具等,对挖掘得到的结果进行分析和解释。提出MTA1-perineural invasion(嗜神经性侵袭,肿瘤恶化标志)等潜在临床-组学关系,为结直肠癌基础研究提供参考;构建结直肠癌临床-组学关联知识共享平台,提供挖掘结果的查询、下载等功能,实现数据分享与方法重用。结果表明,基于MeSH主题词的文献挖掘方法为疾病临床-组学关系挖掘提供一种新的思路,也可用于其他疾病的研究和分析中。