随着生物信息学的蓬勃发展和分子生物信息数据库的不断扩大,生物分子的三维结构显示对于生物信息的分析起着越来越重要的作用。蛋白质分子可视化软件HJMV(Hust Java Molecular Viewer)就是基于国家863计划项目——硒相关蛋白质生物信息二级数据库而提供的以多种模式远程交互观察分子三维结构的平台。可视化系统的开发通常是从对原始数据过滤开始,经过映射处理,然后绘制、显示,再不断接受反馈的过程。HJMV分子可视化软件同样划分为数据文件的导入、分子三维结构场景图的构建和显示、以及对诸如交互操作等外部事件的处理等三个模块。蛋白质分子的三维空间结构以一种特定的格式储存在PDB文本文件中,软件系统能够读取并理解这些空间结构以及属性信息。对于分子特有的层次结构,HJMV以基于Java和Java 3D的几何模型对分子构建场景图,按照读取的空间结构信息,通过对场景图的渲染来显示分子的三维结构。对分子构建的运动模型达到了旋转、平移、放缩等交互操作对分子坐标转换的要求。HJMV作为applet嵌入网页发布,整合在硒相关蛋白质生物信息二级数据库系统之中。众多的原子数目和实时交互的操作对系统的性能提出了较高的要求。HJMV针对拥有更多原子数的分子的导入功能和分子交互操作更短的响应时间这两个关键问题对性能做了有效的改进。经测试证明,HJMV比相同平台开发的类似功能的分子可视化软件性能更佳。