黄浦江是长江下游的一个分支。它从太湖发源,向东运行经青浦县淀山湖,然后流入上海。它是上海的母亲河,承担着饮水、内河航运、旅游等多方面功能。然而,由于上海人口密度高,排污总量大,加之对工业、旅游等污染控制措施乏力,使黄浦江水体一直处于一种较重的负荷状况。因此,黄浦江水环境状况一直受到社会的广泛关注。本研究通过构建16S rDNA克隆文库以及开展对霍乱弧菌、菌落总数和大肠菌群的传统培养监测,以了解黄浦江菌群分布情况,为有关部门制定环境治理政策和疾病防控政策提供依据。本研究包括以下3个方面内容：1.上海市黄浦江水体霍乱弧菌监测分析在2011年7月～10月,从黄浦江63个霍乱弧菌固定监测点每月采集水体标本进行霍乱弧菌分离培养,对分离得到的阳性菌株进行血清分型、PCR毒力基因检测、K-B法药敏试验及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。研究结果显示,监测期间采取的252份水样中,有1份检出O139群霍乱弧菌,阳性检出率为0.4%。毒力基因检测发现该菌株为非产毒株。对11种药物的敏感试验发现该菌株对氨苄西林耐药,对其余强力霉素、诺氟沙星、环丙沙星等10种抗菌药物敏感。PFGE分型结果聚类分析显示该菌株与同年分离自病人的菌株处于不同的分支,两者相似系数为76%。研究表明,在霍乱流行季节,黄浦江水体中存在霍乱弧菌,必须加强环境水体霍乱弧菌监测以了解其污染情况,以便采取针对性措施预防控制霍乱的发生和流行。2.上海黄浦江水体菌落总数和大肠菌群检测分析在2011年7月～10月,从黄浦江63个固定采样点每月采集水体标本进行菌落总数和大肠菌群指标检测,以了解黄浦江水体微生物污染状况以及菌落总数和大肠菌群指标的时空分布规律。研究结果显示,菌落总数和大肠菌群分布存在时间差异(P<0.0001),菌落总数分布存在空间差异(P<0.0001)。大肠菌群和菌落总数指标间呈正相关(P<0.0001)。研究表明,黄浦江的微生物污染受时间及人类活动影响较严重,微生物指标呈现一定的时空分布规律。微生物指标间有相关性。3.上海市黄浦江水体细菌多样性研究采用构建16S rDNA克隆文库方法,对黄浦江2011年7月～10月三个检测段(吴泾至卢浦大桥段、卢浦大桥至杨浦大桥段和杨浦大桥至复兴岛段)水样的细菌多样性进行研究。结果显示,黄浦江水体12个16S rDNA克隆文库共获得1135个阳性克隆,分为660个操作分类单元,分属以下类群：变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、厚壁菌门(Firmicutes)酸杆菌门(Acidobacteria)、Armatimonadetes、梭杆菌门(Fusobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)以及尚不确定分类地位的类群(Unclassified)。其中变形菌门、放线菌门、拟杆菌门是黄浦江水体细菌的优势类群,β-变形菌纲(p-proteobacteria)为最优势类群。各个文库间细菌类群多样性都不相同,分布存在时空差异。Genbank blast结果和系统发育分析表明,黄浦江水体中细菌大多数为未可培养细菌,且对本研究所获序列的最近亲缘关系序列来源环境分析表明,黄浦江水体环境细菌菌落多样性受到了人类活动的影响。