目的：　　利用DEA方法评价2009~2013年5年间广州呼吸疾病研究所的科研效率。1.分析DEA有效情况并探讨在非DEA有效的科研团队中的投入冗余与产出不足情况；2.了解其一段时期内科研创新效率的动态变化情况并找出影响其效率变化的因素；3.总结经验，对进一步提高广州呼吸疾病研究所的科研效率进行探讨并提出可行的政策建议。　　方法：　　随机抽取广州呼吸疾病研究所的19个科研团队作为样本,收集其在2009~2013年5年间投入指标和产出指标的相关数据。运用CCR模型和BCC模型对其科研投入产出效率进行静态分析，采用基于DEA模型的Malmquist生产效率指数分析法对其科研投入产出效率进行动态分析。　　结果：　　1.2009~2013年广州呼吸疾病研究所的DEA有效率为：2009年为26.32％，2010年为52.63%，2011年为63.16%，2012年为52.63%，2013年为42.11%。2009~2013年各年度处于规模不变的团队数目分别是：5个（26.31%）、10个（52.63%）、12个（63.16%）、10个（52.63%）、8个（42.11%）。从2009~2013年5年间广州呼吸疾病研究所的年度效率均值来看,TE、PTE、SE均值都未到达1，其中：2009年到2013年的技术效率平均值分别为0.631、0.790、0.863、0.849、0.683，该研究所5年的技术效率平均值为0.763。2009到2013年的纯技术效率平均值分别为0.905、0.872、0.907、0.956、0.938，该研究所5年的纯技术效率平均值为0.916。　　2.从投入过剩和产出不足的非DEA有效的项目研究团队数目来看,2009年为14个，2010年为9个，2011年为7个，2012年为9个,2013年为11个。2009~2013年5年间广州呼吸疾病研究所的非DEA有效项目研究团队科研产出不足情况中：SCI点数、科研成果获奖得分、发明专利得分、培养研究生得分的平均值为0.111、0.089、0.055、0.045。科研投入冗余情况中：科研经费、科研项目数的得分、科研活动人员数的平均值为-0.110、-0.342、-0.273。　　3.2009~2013年广州呼吸疾病研究所的全要素生产率指数为0.999，全要素生产率年均降低率为0.10%，未达到效率的前沿面。其年均技术进步降低率为2.4%，而技术效率年均增长率为2.4%，纯技术效率的年均增长率为1.8%，规模效应年增长率为0.6%。　　4.在2011~2012年度，广州呼吸疾病研究所的全要素生产率为1.087，技术效率变化指数为0.998，技术进步指数为1.089，纯技术效率变化指数为0.930，规模效应变化指数为1.007，全要素生产率增加了8.7%，技术进步指数增加了8.9%且增幅最大。在2012~2013年度，全要素生产率为1.125，技术进步指数为1.502，要素生产率增加了12.5%，技术进步指数增加了50.2%且增幅最大。　　结论：　　静态分析结论：　　1.2009~2013年广州呼吸疾病研究所的科研效率尚未达到最佳的理想水平，各科研团队的科研效率参差不齐。其中，每年的技术效率均值、纯技术效率均值、规模效率均值都没有达到最佳的相对有效状态。在规模报酬状态上，各科研团队的状态差异比较大。　　2.2009~2013年广州呼吸疾病研究所存在不同程度的投入过剩与产出不足的情况，而且纯技术效率和规模效率是影响广州呼吸疾病研究所技术效率变化的主要因素。对于非DEA有效的科研团队，应该适当调整规模，减少投入冗余和增加产出。　　动态分析结论：　　1.2009~2013年间广州呼吸疾病研究所存在着科研效率的追赶效应，同时全要素生产率的轻微下降是受到了技术进步指数下降的影响所致。绝大部分科研团队的全要素生产率增长主要依赖于技术进步和技术效率的提高。　　2.2011~2012年度和2012~2013年度，广州呼吸疾病研究所全要素生产率的提高主要是由于技术进步指数的增长。