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甘蔗糖蜜作为我国南方蔗糖产区主要的乙醇发酵工业生产原料,具有低成本,不耗粮,并可解决制糖业污染等优点,对其乙醇发酵的研究一直是研究的重点,其中很关键的问题是获得高性能的菌种,菌株的鉴定及选育具有重要意义。因此本论文工作主要从两方面展开,首先选择单细胞形态及甘蔗糖蜜乙醇发酵表型不同的7株酿酒酵母工业菌株为研究对象,利用RAPD技术进行核基因组多态性分析鉴定,以探讨酿酒酵母核基因组多态性与相关性状的关系；然后以全基因组分析为基础进一步对菌株进行改造,以选育高性能的甘蔗糖蜜乙醇发酵酿酒酵母菌种。为满足实验进程要求,本实验建立了一种PCR模板高通量制备法,可以在3min内完成一株酿酒酵母的PCR模板制备工作。ITS扩增及测序结果证实该法扩增目标条带的专一性。酿酒酵母不同长度核基因的扩增及RAPD扩增,证实该法相对于CTAB基因组法,具有时间短,操作简单等优势。基于PCR模板高通量制备法进行RAPD实验,先对22种随机引物进行筛选。利用8种引物对7株酿酒酵母工业菌株进行RAPD分析,结果表明,系列菌株间的相似性系数在0.47-0.96之间,高产菌株1015-04-01与高产菌株1002-03-03之间的相似性最高,而高产菌株1015-04-01与低产菌株1415相似性最低。利用UPGMA法进行聚类分析,高产菌株1016-02-04,低产菌株1415及低产菌株1313聚为一大类,而1415与1313又聚为一小类,其它4株高产菌株聚为另一大类。RAPD分析结果与系列菌株单细胞形态及产酒性状差异基本一致。分别以高产菌株1015-10-1,低产菌株1415作为基因改造对象与基因供体,进行基因工程改造,在PCR模板高通量制备基础上,筛选鉴定出突变子034-19。034-19菌株YFR034C基因的11、333等位点相对于对照1015-10-01发生突变,位点11及333的突变分别导致203位点的异亮氨酸变为缬氨酸,310位点的缬氨酸变为甘氨酸。相对于对照,突变子生长速度稳定加快,产气明显加快,蔗糖发酵培养基中最高酒度未见明显变化。在YPD培养基中,034-19生长速度加快,介于对照与1415之间,16h达到最高浓度,6.36×108/mL;相对呼吸强度明显提高；糖蜜乙醇发酵加快,最高酒度14.52%,略高于对照的14.25%；碳源同化能力,糖蜜发酵糖利用能力未见明显变化。