当前我国经济发展迈入新常态,科技进步已成为经济社会发展的核心要素,政府作为科技投入的主体之一,对科技活动的支持力度直接影响国家科技水平和自主创新能力。加入世贸组织以来,我国财政科技投入的总体规模不断加大,在某种程度上促进了经济和社会的快速发展,但如何把握财政科技投入的绩效水平是我们需要关注的问题。本文首先对科技投入相关概念进行界定,在对国内外现有文献和研究现状梳理后,基于公共产品理论、外部性和市场失灵、创新增长等理论基础,对财政科技投入的作用机理及传导机制进行了剖析。紧接着,收集并整理数据,分别对我国科技投入的规模、结构及活动类型等现状进行描述,归纳出我国财政科技投入的特征和存在的不足。在此基础上选取代表性指标,利用deap2.1和Matlab软件运行超效率DEA模型并进行Malmquist指数分解,分别对全国和30个省市间的科技投入产出相对绩效水平进行分析,并结合现实情况给出政策建议。结果表明,我国财政科技投入总量不断增长,但投入的相对规模不够,特别是对基础研究方面的投入严重不足;1995-2015年的全国财政科技投入中,相对有效的年份达15个,占比71.43%,投入产出绩效呈现良好态势,但部分年份存在投入冗余和产出不足;省市间科技投入绩效水平差异明显且起伏波动较大,对科技资源的利用效率不高。因此,未来需要在投入强度和结构上进行优化调整,将更多科技资源倾注于基础研究,增加原始知识积累,加强对技术成果的转化,提高我国的科学技术水平。