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本研究构建了平均插入片段为7kb的家蚕随机基因组文库,共挑取244,000个克隆,覆盖3.9×家蚕基因组。通过用同位素标记的(CA)15和(CT)15寡核苷酸探针对文库进行杂交筛选,总共得到13,600个含SSR序列的阳性克隆。对阳性克隆用进行二次测序得到SSR位点两侧的序列,并根据这些序列设计了2700对引物。将这些引物在六个家蚕品系:大造,C108,菁松,兰10,54A及F50B中扩增并进行多态性分析,发现SSR标记在这六个品系间的多态率为16.9-24%,与其它物种相比要低很多,表明了家蚕品种间的高度纯合性;同时筛选出了555对在家蚕品种大造与C108间具有多态性的SSR引物。以大造和C108为亲本,构建了含189个体的F1作雄回交(BC1M)作图群体,并将上述555个多态性SSR标记在此群体中进行基因型分析(Genotyping)。得到的数据经Mapmaker软件以参数:LOD=5.0,最大交换值为0.25作图,得到了一张含29个连锁群的图谱,与家蚕的28条染色体相比多出一条。然后将图上的标记经BC1F群体进行连锁验证,证明了连锁关系的正确性,同时确定图谱中的第10及14连锁群来自相同的染色体,进而整合形成了一张含28个连锁群的遗传图。之后根据已定位可见突变基因所配制的39个BC1Fx群体进行基因型分析,确定了28个连锁群的标记与这些形态标记的连锁关系,从而将此28连锁群与家蚕经典形态标记遗传图中的连锁群编号一一对应。为了进一步验证染色体整合的结果,我们还开发了12个来源于已定位基因的CAPS标记,并通过对这些CAPS标记在图上的定位以将SSR连锁群与形态标记连锁群整合。最后构建成一张含518个SSR标记,29个CAPS标记,1个形态标记的家蚕SSR遗传图。根据已经构建的SSR连锁图,对家蚕的三个绿茧基因:互补基因Ga和Gb,以及显性基因Gc进行了定位。对Ga和Gb基因的定位采用了以w07和C108为亲本的回交群体,对Gc基因的定位采用了以大造和i04为亲本的回交群体。在Ga-Gb的定位中,发现了三种表型:绿茧,浅绿色茧及白茧,其分离比为1:1:2。表明可能在GaGb体系的茧色成因中可能有一种类似于渗透作用的色素运输途径。Ga, Gb和Gc被分别定位到了家蚕连锁群20,28和28上,与这三个基因最近的标记分别与其相距0cM,2.2cM和4.1 cM。此外还对家蚕的自然黑蛾突变(mln,melanism)基因进行了定位,定位所用的亲本为大造和i04,通过BC1F回交群体的基因型分析,发现mln与18号连锁群上的标记连锁,并根据BC1M群体进行基因型分析,将mln基因定位在18号连锁群的45 cM处,