在中国社会经济的不断发展中,中小企业在企业数量中占据绝对的主导地位,其生存状况关系就业,关联经济,更关乎民生。新三板作为全国中小企业主要的股权融资平台和交易场所,是我国多层次资本市场中的重要组成部分。2019年4月,中央下发《关于促进中小企业健康发展的指导意见》,鼓励中小企业积极进入新三板市场进行融资和发展。虽然新三板市场于2016年以来设立了分层制度,对市场内部企业按照一定标准实施层级划分,并多次依据市场环境变化对政策进行调整和修改。但近年来市场内部企业融资困难等问题凸显,大量企业选择退出市场,新三板市场热度急剧下降。2020年10月,十九届五中全会在北京召开。会议指出,要继续优化民营发展环境,培育更有活力和创造力的资本市场体系。2021年11月,十九届六中全会强调了防控金融风险,推动经济高质量发展的重要性。新三板分层制度改革将成为下一步政府着力改善的重要领域。企业绩效作为衡量企业经营发展水平的重要指标,一直以来受到投资方的格外关注。新三板企业自身只有达到足够优秀的绩效水平,才能得到众多机构投资者和个人投资者的青睐,才能够进入更高的层级和享受更为优惠的政策扶持,更好地解决企业发展过程中存在的各种难题,促进自身长远健康发展。过去研究表明,企业绩效变化往往会受到资本市场内部政策的巨大影响。新三板分层制度是如何演变的?分层制度造成新三板企业绩效变化的作用机理和传导路径是怎么样的?分层制度改革前后对新三板企业绩效影响的政策效应又会发生哪些改变?分析这些问题可以为新三板市场后续发展提供经验和结论。本文首先对文章涉及的相关概念进行解释,列举了过去学者对于资本市场分层的理论研究成果,进而对我国资本市场内外部的分层逻辑进行了阐述,并深层剖析了分层制度对企业绩效影响的发生机理与传导路径。在理论分析的基础上,本文将2016年分层制度设立以及2018年分层制度修订作为政策时间节点,分别选取2014～2017年和2016～2019年新三板企业（基础层和创新层）作为两个样本组,通过因子分析法模型对企业11个财务指标进行降维,量化出样本企业的综合企业绩效指标,并在此基础上综合运用双重差分模型和倾向得分匹配法,实证研究了分层制度及其修订对进入创新层企业财务绩效的影响。主要的研究结论表明:第一,无论在分层制度修订前后,新三板挂牌公司入选创新层后的企业绩效均呈现显著下降趋势,且分层制度修订后对入选创新层的企业绩效产生的负面影响更大。第二,企业进行符合自身发展水平的研发投入,会增强自身的市场竞争力,有利于提升整体综合绩效;但如果研发投入超出企业自身所能承受的范围以外,则会挤占企业日常生产所需资金,降低企业自身的经营和管理效率,不利于改善企业绩效水平。最后本文基于实证结果,对政府部门和新三板企业提出相关建议。