近几年,人民群众开始重视生态环境,十八大之后《中国共产党章程》里指出“树立尊重自然、顺应自然、保护自然的生态文明理念,增强绿水青山就是金山银山的意识。”《新时期的水利工作方针》、《水十条》等政府文件在十八届五中全会的提出,为日后的水利建设、水资源管理项目提供保障。本文在汲取学者们之前的研究成果的基础上,采用案例研究的方法,依据受托责任理论、可持续发展理论、外部不经济理论,深入分析了水资源管理绩效审计的现状及其存在的问题,并根据存在的问题提出建议。水资源管理绩效审计评价内容包括水资源管理项目的效率性、经济性、效果性、环境性和公平性(5E),根据PSR概念框架建立的水资源管理绩效审计评价指标体系对水资源管理工作绩效进行评价,指标体系的建立主要通过咨询参加过水利工作的审计专家意见、相关文献的记载综合确定,将在此基础上综合确定的构建的评价指标体系运用到云南省A地区水资源管理绩效审计实务中,得出A地区绩效审计的最终得分,根据该评分提出相应改进意见,以期通过该案例建立一套水资源管理绩效审计评价指标体系用来评价政府部门开展水资源管理活动的成效,能够更全面、更详细反映出管理过程存在的问题,能够更好的实现部门领导问责制。本文通过建立水资源管理绩效审计评价指标体系并将其运用在A地区的审计案例中,通过与传统审计方法下的结论进行对比,得出更细致的审计评价结论,并根据该结论提出更精准的建议。与传统审计项目内容相比,文中构建的水资源管理绩效审计指标体系不仅包括资金使用效益,还涵盖管理效益,具有一定的创新性。