紫菜作为大型经济海藻，由于其基因组较小，生长周期中具有单倍体和双倍体的世代交替现象，是研究海藻遗传发育较好的模式植物。然而在开发利用紫菜资源的过程中，种质问题长期以来一直是困扰其生产的严重问题。本研究用SSR和AFLP分子标记技术对紫菜材料进行了分析。 本研究首次报道了紫菜cSSR引物的开发及其在种质鉴定中的应用。从已经公布的20779个紫菜EST序列中，共找出SSRs(长度至少20bp)392个，包含在201个EST序列中，删除重复的序列，最终共得到65个SSR-ESTs。根据SSR侧翼序列设计了48对cSSR引物，其中，41对引物能在大多数材料中扩增出条带，用这些引物对22个紫菜材料进行SSR分析。选用扩增条带清楚的21对引物共94个位点进行了聚类分析，从引物PC01，PC11，PC12，PC28扩增的条带中选择12条扩增和重复性较好的带，构建了这22个材料的指纹图谱。用所开发的cSSR引物在其他海藻中进行PCR扩增分析，结果显示，没有一对引物能在所有选用的材料中扩增出相同的条带。 为验证cSSR分析的结果，随机选用24对引物组合对27个紫菜材料进行了AFLP分析，选用扩增条带多而且清楚的9个引物组合共511个扩增位点进行聚类分析。从引物组合M-CGA/E-AA和M-CGA/E-TA的扩增产物中选择13条带构建了27个紫菜的指纹图谱。通过AFLP分析，共获得21个特异的AFLP标记，迄今对8条特异性条带进行了回收，克隆和测序，其中6条测序成功，2条AFLP标记顺利转成SCAR标记。 实验证明：SSR和AFLP聚类结果基本一致。 cSSR标记的开发、DNA指纹图谱的构建及SCAR标记的转化为紫菜种质鉴定、分类及产权保护提供了有效的方法。