杨树和柳树分属于杨柳科的杨属和柳属,是我国重要的阔叶树种和世界各国重要的能源林树种,具有较高的经济和生态价值,并且在林木遗传学上是很好的研究材料。杨树和柳树易天然变异,有性繁殖和无性繁殖均容易发生,种间杂交容易,通过表型鉴定一些品种比较困难,因此,随着生物技术的不断发展,更需要从DNA分子水平对这些品种的亲缘关系和遗传多样性进行研究。本试验采用SSR分子标记技术,以32份杨树无性系和49份旱柳无性系为试验材料,分析了各无性系间的遗传多样性和亲缘关系,同时通过ITS序列分析建立了杨树和柳树的系统发育树,并将SSR分子标记和ITS技术进行了相关性分析,结果如下:（1）从杨树的28对SSR基本核心引物中筛选出符合要求的13对引物,利用这13对引物对32份杨树无性系进行PCR扩增,共扩增条带58条,其中多态性条带58条,占扩增总带数的100%。通过计算得到,32份杨树无性系的相似系数变化范围在0.0565～0.7061之间,表明各样品之间具有较丰富的遗传多样性。通过聚类分析得到,供试的样品可分为三大类,即白杨派、黑杨派和青杨派,其聚类结果与传统分类学上的结果一致,说明SSR分子标记技术在杨树无性系鉴定中具有可靠性。（2）采用筛选出的13对引物对49份旱柳古树资源进行SSR分析,共扩增出41条DNA谱带,其中多态性条带30条,占扩增总带数的73.17%。同时将49份旱柳古树材料划分为七个地区并用POPGENE32软件进行分析,表明各地区间具有很强的地理相关性。对49个旱柳无性系进行聚类,其相似系数变化范围在0.1123～0.5863之间,表现出较高的遗传多样性。对49份旱柳无性系聚类分析,聚类结果呈现混杂性,与地区关联度低,表明不同时期栽种的49个旱柳古树来源于不同的无性系。（3）参试的12个杨树无性系和4个柳树无性系ITS序列平均总长度为663bp,其ITS序列区的各碱基含量为:A所占比例为17.14%～17.81%,T所占比例为16.79%～18.05%,G所占比例为31.93%～32.73%,C所在比例为31.89%～33.43%,G+C所占的比例为64.36%～65.66%,其中G+C含量最高的是小叶杨,最低的是窄冠毛白杨。用邻接法构建了杨柳的系统进化树,其结果可以反映各无性系间的亲缘关系,表明ITS技术在鉴定分析杨柳无性系植株是可行的。（4）以12个杨树无性系为材料,对SSR分子标记技术和ITS技术进行了相关性分析,结果表明,两种方法在整体聚类上没有差别,但在比较具体细微的聚类上,SSR标记技术比ITS技术更准确一些,经过数据分析得到二者相关系数R为0.5933,达到了极显著相关水平,表明这两种标记方法之间存在一定相关性,但也有一定差异。