公立医院是政府举办的具有一定福利性质的社会公益机构,承担着基本医疗和公共卫生服务职能。从我国医疗卫生体制的发展与现状来看,无论从数量还是规模上,公立医院都占据着医疗卫生服务体系中的主要部分,在医疗卫生服务中起着举足轻重的作用,是国家实现基本医疗卫生服务政策,保障社会和谐发展的重要工具。因此,理顺公立医院的职能,建立合理的投入机制,充分发挥公立医院的主导作用,有着重要的现实意义,也是新医改提出的目标和要求。本文结合新医改出台的背景、提出的目标和要求,首先回顾了我国公立医院的发展阶段和财政投入政策的演变过程；其次是对德国、英国、新加坡等发达国家公立医院的发展情况及政府投入政策进行了介绍,提炼出他们的发展模式、投入政策及对我国的参考意义；重点以四川省公立医院的财政投入现状为例对公立医院的财政投入情况进行分析,主要基于四川省公立医院2007年、2008年的财务收支情况、政府对公立医院的投入情况等相关数据和文献,采用文献分析、征询相关部门意见法、比较分析和数理统计等分析方法,对四川省不同级别、不同类型、不同地区公立医院的医疗收支结构、资产负债情况、工作量和工作效率等,以及政府财政投入的方向、内容和投入水平的差异进行统计分析,总结出我省公立医院财政投入和补偿机制存在的问题,以及由于财政投入不足所导致和衍生出的经营、服务及管理方面的问,题,并分析其关联性,主要是：政府对我省公立医院的投入总量严重不足且投入的结构不合理,由于投入不足导致县级医疗机构经营能力比较弱,公立医院负债经营有上涨趋势,城市医院和中医医院效率相对低下等。其中,在对我省公立医院投入现状分析时,为了使不同医院之间财政投入情况具有可比性,创造性地提出了不同医院的标准化投入,即扣除医院规模对政府财政投入的影响之后政府对每所医院的投入情况,以促进科学制定公平合理的公立医院投入政策；最后,针对公立医院投入过程中存在的主要问题,从确保公立医院公益性入手,紧紧结合新医改提出的原则和目标,提出自己的对策建议：加大财政投入,明确各级政府投入责任；优化投入方向和结构,提高政府投入效率；建立合理高效的投入机制,探索对公立医院的绩效考核；转变支付方式,建立医院内部监督机制等措施。同时,为优化卫生资源配置,提出了停止对三级以上医院的一般性政府投入转而重点投入二级医院,建立基于绩效评价的投入政策的探索性建议。