本文以12个种群的小头虫COI序列和：ITS序列为依据，研究中国渤海、黄海和东海地区潮间带小头虫复合种系统发生关系和种群遗传分化。 实验样本来自大连(DL1、DL2)、烟台(YT)、青岛(QD1、QD2、QD3)、舟山(ZS1、ZS2)、台州(TZ)、泉州(QZ)、厦门(XM)和漳州(ZZ)12个种群的潮间带有机质污染区域。实验得到了99条长度为621-630 bp的COI部分序列，通过分析得到81种单倍型，单倍型多样性为0.9891±0.005，核苷酸多样度为0.2834±0.0110；还得到了135条长度为676-920 bp的ITS和5.8S rDNA序列，其中ITSl长度为279-542 bp，5.8S rDNA长度为157 bp，ITS2为211-230bp。通过分析，5.8S rDNA序列相似性高，比较保守：ITS1序列得到77个单倍型，单倍型多样性为0.8230±0.03，核苷酸多样度为0.3203±0.0186；：ITS2序列得到36个单倍型，单倍型多样性为0.876±0.0017，核苷酸多样度为0.3572±0.0197。各序列不同单倍型呈非显著的地理分布差异。 以沙蚕为外类群，利用Mrbayes程序分别对COI、ITS1和ITS2构建贝叶斯树，可以看出一些单倍型为广分布的，并且COI序列的单倍型分为6个分枝，其中种群XM只存在于Ⅳ分枝，种群ZS2分布于5个分枝中；ITS序列单倍型分为8个分枝，种群QD1、QD3和TZ只存在于Ⅱ分枝，种群XM分布于5个分枝中。 分子变异等级分析发现COI序列在种群间存在很高的遗传变异，而ITS序列在种群问和同一地理区域内(大连、青岛和舟山)的种群间也有较高的遗传变异。 种群遗传多样性分析发现COI序列以QD3的多样性指数最高(Pi=0.4001±0.1126，H=1.000±0.272)，XM多样性指数最低(Pi=0.0889±0.0088，H=0.978±0.0541)，而ITS序列相反XM的多样性指数最高，QD1、QD3、ZS1和TZ的多样性指数较低；同时在将种群按海域划分为北方和南方时，发现COI序列在北方的多样性高，相反ITS多样性北方明显低于南方。从ITS序列中发现一些分枝之间存在杂交的现象。 以上分析都表明小头虫各种群都有不同程度的分化，并且核基因可能经历了第二次重组，XM种群可能是分化的中心。